אריאל שרון, שהיה שר הביטחון במלחמת לבנון הראשונה, טען כי גם המוסד היה "מעורב" בהחלטה להכנסת כוחות הפלנגות ("הכוחות הנוצריים") למחנות הפליטים בסברה ושתילה בספטמבר 1982. דברי שרון מופיעים בחלק מפרוטוקול של ישיבת הממשלה בנושא, שהותר היום (חמישי) לפרסום. זאת, לאחר שבשבוע שעבר פרסם ארכיון המדינה תעודות העוסקות בנושא זה, אך חלקים אחדים מהן צונזרו ונאסרו לפרסום. עתה החליטה הצנזורה להתיר את הקטעים שצונזרו.
שרון סיפר כי נציגי המוסד ובהם מי שהיה אז ראש תבל (האגף שהיה אחראי לקשר עם הנוצרים) נחיק נבות, נכחו בפגישתו עם בני משפחת ג'מייל לאחר שבנם בשיר, שנבחר להיות נשיא לבנון, נרצח בידי סוכנים סוריים מפצצה שהוטמנה במטה הפלנגות בביירות. הפיצוץ ורצח בשיר ג'מייל נחשבים כאחד המניעים לטבח. כניסת הכוחות גרמה לטבח של 700 עד 800 גברים נשים וילדים פלסטיניים בידי הפלנגות המיליציה של הנוצרים בלבנון.
ישיבת הממשלה זו התקיימה בפברואר 1983 ובה דנו השרים האם לקבל את המלצות דו"ח ועדת החקירה הממלכתית בראשות שופט בית המשפט העליון יצחק כהן, שדנה בסוגית האחריות לטבח. שרון חלק בכך על מסקנות הוועדה שקבעה כי המוסד לא היה שותף לדיונים ולא ידע על החלטת צה"ל להכניס את הפלנגות כדי לטהר את המחנות מלוחמים של אש"ף. הוועדה קיבלה בכך את עדותו של ראש המוסד דאז, נחום אדמוני, שהעיד כי "לא ידע על כניסת הפלנגות למחנות", והדבר נודע לו לראשונה בדיעבד בישיבת הממשלה לאחר שהכוחות כבר נכנסו למחנות. יודגש כי אדמוני שימש בתפקיד רק ימים אחדים.
ועדת כהן קבעה כי האחריות הישירה לטבח היא על הפלנגות, אך על ישראל היתה מוטלת אחריות עקיפה. "אמת הדבר", כתבה הוועדה, "שלא ניתנה התרעה ברורה מצד אמ"ן והמוסד על מה שעלול לקרות אם יכנסו כוחות הפלנגות למחנות, אך לדעתנו גם בלעדי התרעה כזו לא ניתן להצדיק את התעלמות שר הביטחון מסכנת הטבח... תחושת סכנה כזו היתה צריכה להיות בתודעתו של כל אחד". הממשלה קיבלה בתום כמה דיונים קשים את המלצת הוועדה, העבירה מתפקיד שר הביטחון את אריאל שרון והסיקה מסקנות שונות לגבי כמה קצינים בכירים.