אחת הפרשות המסעירות שידעה ישראל בשנים האחרונות מגיעה לסיומה: מבקר המדינה, יוסף שפירא, העביר את הדו"ח הסופי שחיבר ב"פרשת מסמך הרפז" לשורה של גורמים, בהם מבוקרי הפרשה הרמטכ"ל לשעבר רב-אלוף (במיל') גבי אשכנזי, עוזרו אלוף-משנה ארז וינר, סגן-אלוף (במיל') בועז הרפז, שר הביטחון אהוד ברק וראש מטה שר הביטחון יוני קורן. כמו כן, נשלח עותק של הדו"ח לראש הממשלה, הרמטכ"ל הנוכחי בני גנץ, יו"ר ועדת החוץ והביטחון של הכנסת וליועץ המשפטי לממשלה. עם זאת, בשלב זה תוכן הדו"ח מוגדר עדיין "סודי ביותר".
בטיוטות של הדו"ח שנשלחו בעבר למבוקרים ייחס המבקר לשעבר, מיכה לינדנשטראוס, ללשכת אשכנזי את הפעלת בועז הרפז ואיסוף חומרים שליליים נגד שר הביטחון ואנשיו. כמו כן, מיקד המבקר את הפעלת בועז הרפז לארז וינר. המבקר גם מתח ביקורת על הרמטכ"ל לשעבר, שהכיר בין הרפז לוינר, והנחה את הרפז לדבר עם האחרון. מרבית הביקורת נמתחה בטיוטות על אשכנזי ווינר, אולם גם ברק ספג ביקורת. המבקר ציפה ממנו להיות הגורם האחראי והבוגר שיפעל להרגעת הרוחות בין הצדדים - והוא לא עשה כן. טיוטה שנייה ריככה קצת את הביקורת כלפי מחנה אשכנזי, ומתחה ביקורת רבה יותר על ברק. הדו"ח הסופי כולל ככל הנראה גם ביקורת בנוגע לתהליך בחירת הרמטכ"ל.
בשלב זה, הדו"ח, שמסווג כ"סודי ביותר" בשל העיסוק שלו בנושאים ביטחוניים, הועבר לידי הוועדה לענייני ביקורת המדינה של הכנסת, והיא שתקבע מהם הפרקים שיתפרסמו, במלואם או בחלקם, או לא יתפרסמו כלל בדו"ח הגלוי, שיונח על שולחן הכנסת. יצוין כי הדו"ח אינו בהכרח סוף פסוק, היות והיועץ המשפטי לממשלה, יהודה וינשטיין, טרם קיבל החלטה סופית בשאלה האם לפתוח בחקירה פלילית נגד חלק מהמעורבים, אולם ההערכה היא שבעקבות פרסום הדו"ח יודיע היועץ על סגירת התיק.
הערכה: הביקורת כלפי אשכנזי פחותה מהמצופה
במערכת הביטחון מורגשת דריכות רבה, בעיקר בשל הממצאים שעשוי המבקר לחשוף והביקורת שיטיל על המעורבים. אלוף-משנה ארז וינר, ששימש כעוזרו של אשכנזי, עת כיהן כרמטכ"ל, יספוג ככל הנראה את מירב הביקורת מהדו"ח. עם זאת, גורמים המקורבים לקצין טוענים כי הוא עוד לא אמר את המילה האחרונה ולא בהכרח יקבל את הדו"ח ככתבו וכלשונו, ואף קיימת אפשרות שהוא יערער לבית המשפט העליון בנושא. בפרקליטות הצבאית יבחנו את הדו"ח כדי להסיק מסקנות על עתידו של וינר.
במערכת הביטחון מעריכים כי הביקורת נגד הרמטכ"ל לשעבר אשכנזי תהיה פחותה באופן משמעותי מזו שבאה לידי ביטוי בטיוטה המרכזית של הדו"ח, שכן בשימועים שנערכו לאשכנזי ובתשובתו המנומקת למבקר המדינה, הוא הצליח לשכנע את אנשי המחלקה הביטחונית כי לא הנחה על סדרת הפעולות שיוחסו לו בתחילה, בהן עשיית "פוטש" לשר הביטחון. כך גם לגבי הביקורת נגד ברק, באשר למערכת היחסים עם אשכנזי ומינוי בכירים במטה הכללי. בעניין ראש המטה של שר הביטחון, יוני קורן, הדעות חלוקות, שכן מקורביו טוענים כי הצליח להפריך חלק גדול מהטענות נגדו, חלקן פורסמו בכלי התקשורת, ועל חלקן הוא מתכוון להגיש תביעות דיבה.