אם שופטים לפי ההודעות לעיתונות והנאומים בכנסים, הרי שהרכבת הקלה בתל אביב ופרבריה מתקדמת בקצב מהיר לקראת ביצוע. אולם, כעת מברר כי במשרד האוצר בוחנים אי סדרים, לכאורה, של התקציב לפרויקט, ודיווחים חלקיים מצדה של החברה הממשלתית המבצעת את הפרויקט, נ.ת.ע. רשות החברות הממשלתיות אף פנתה לרואה החשבון המבקר של נ.ת.ע, בבקשה כי יבחן את ההתנהלות הפיננסית של החברה באוצר, שנה וחצי לאחר שהממשלה החליטה על ביצוע ה"קו האדום", שמו של פרויקט, בידי נ.ת.ע, עדיין לא נקבע תקציב מפורט לביצוע הפרויקט.
לפי נתונים שהגיעו לחברת הפיקוח על הפרויקט, כנראה שתהיה חריגה תקציבית של בהיקף מוערך של 2-3 מיליארד שקלים. גם לוחות הזמנים ישתבשו, וצפויה חריגה של שנתיים ואף יותר. כלומר, תושבי גוש דן ייהנו מרכבת קלה רק ב-2019, ולא ב-2017 כמתוכנן. המכרזים השונים שפרסמה נ.ת.ע, ובהם מכרז ל"סיסמטם" (הציוד לרכבת), ולכריית מנהרות בשיטות TBM ו-NATM, הם רק מכרזי למיון מוקדם (PQ) ומכרזים מלאים לא יוכלו להתפרסם לפני שהאוצר יאפשר העברת כספים.
לדברי גורמים באוצר, הדרך שבה נ.ת.ע מתקדמת ומפרסמת מכרזים, מבלי שהיא מספקת נתונים ופרטים מלאים לחברת הייעוץ הבינ"ל, מעוררת תמיהה. ההחלטה של נ.ת.ע שעוררה כעס במשרד האוצר, והאיצה את הבדיקה, היתה לעבור למשרדים מפוארים בעזריאלי, שעלות האחזקה שלהם גבוהה פי שלוש מזו של משרדי נ.ת.ע הקיימים. נוסף על כך, החברה מתנהלת כבר כשנה ללא יועץ משפטי, שאת מקומו ממלא עורך דין שאינו עומד בתנאי הסף של יועץ משפטי לחברה, וכן ללא מנהל פרויקט לקו אדום. למרות שלטענת נ.ת.ע מנהל שכזה מונה לאחרונה.
בשלב זה הדברים נמצאים בבדיקה ראשונית, באמצעות חברת הייעוץ, וכן רואה החשבון שמינתה רשות החברות, ולא ברור אילו החלטות יתקבלו בעניין. תושבי גוש דן ייאלצו לחכות יותר לרכבת שאמורה להקל על הפקקים בעיר. ממשרד האוצר נמסר בתגובה: "רשות החברות פנתה לאחרונה לרואה החשבון המבקר של חברת נ.ת.ע, על מנת שיבדוק מספר נושאים הקשורים לניהול כספי החברה, והבקרות עליהם. לכשתושלם הבדיקה יובאו תוצאותיה לגורמים הרלוונטיים, ורשות החברות תפעל לקבלת החלטות בהתאם". מנ.ת.ע נמסר בתגובה: "איננו מתנצחים עם האוצר מעל דפי התקשורת. החברה כולה עסוקה בבניית הקו האדום".