בשנת 2009 הנחה הרמטכ"ל גבי אשכנזי את לשכתו לתאם לו פגישות עם מקביליו בצרפת ובאיטליה. לוחות הזמנים הצפופים של שלושתם הפכו את המשימה לכמעט בלתי אפשרית. הזמן חלף והצדדים הצליחו להגיע להסכמה על תאריכי הפגישות ולוחות הזמנים עברו לאישור שר הביטחון אהוד ברק.
חלפו מספר ימים ומזכירו הצבאי של שר הביטחון ברק, תא"ל מישל בן ברוך, הודיע לאל"מ וינר: "יש אישור לטיסה". באותו הערב התקשר סא"ל במיל' בועז הרפז לעוזר הרמטכ"ל, אל"מ ארז וינר, ואמר לו: "קיבלתם אישור לטיסות". אל"מ וינר תהה כיצד הגיע אליו המידע. "אתה חושב שאתם נוסעים", הטיל הרפז פצצה, "אין אישור". למחרת הגיע הטלפון מלשכת השר ובו נטען כי "צץ אירוע" לשר הביטחון והטיסה מבוטלת.
אל"מ וינר יטען מאוחר יותר בפני מבקר המדינה כי רמת הידע של הרפז - לא רק במקרה הזה אלא בסדרת מקרים נוספים - לא מתירה כל צל של ספק כי היה לו קשר רציף עם לשכת שר הביטחון. וינר פנה אל המבקר וביקש שדמויות מרכזיות בפרשה ייבדקו בפוליגרף, אך לדבריו המבקר דחה זאת בטענה כי "אנשי הצבא התאהבו בפוליגרף".
המבקר מסתמך על תמלול 16 שיחות טלפון
למרות שאל"מ וינר טוען כי ישנו גורם נוסף בפרשה אשר נהג להעביר מידע לבועז הרפז וטרם נחשף, הוא עצמו מסובך כהוגן. אנשי מבקר המדינה טוענים כי אל"מ וינר חרג מסמכותו ועסק באיסוף חומר מכפיש ובאופן שיטתי בפרשת מסמכי הרפז, בין היתר על יוני קורן; אל"מ שלומי עם שלום, אז עוזר המזכיר הצבאי; ואהוד ברק. אנשי המבקר מסתמכים על תמלול 16 שיחות טלפון. וינר הודף את הטענה נגדו באמצעות עורכי הדין אל"מ אודי בן אליעזר ועודד סבוראי ומבקש מהמבקר להגדיר מה הוא איסוף חומר ולמסור דוגמאות מוצקות וברורות שלא ניתנו לו עד כה. וינר מתעקש כי לא אסף חומר אך הודה בפני אנשי המבקר: "דיברתי לא יפה. לא דיברתי כמו שמצופה ממני ואני מצטער על זה".
בשלב הנוכחי אל"מ וינר נמצא עם הגב לקיר. כדי להתמודד בצורה אפקטיבית מול טענות המבקר הוא חייב חומר מהחקירה והמבקר שחרר לו בקמצנות פריטים בודדים. אנשי המבקר השיבו כי לו כי בשל צנעת הפרט וביטחון המדינה לא נמסרים לו הפריטים. מצד שני מלין אל"מ וינר כי תמלולי שיחות אישיות שלו הועברו ליוני קורן ואהוד ברק. וינר התעקש לקבל לידיו את תמלול בדיקת הפוליגרף במשטרה, במהלכה שאלה הבודקת המשטרתית את אל"מ וינר סדרת שאלות, ובין היתר: "האם אתה קשרת קשר?". וינר השיב בשלילה ויצא דובר אמת, לטענת מקורביו. אך, כאמור, גם לבקשה זו נענה בשלילה ולא קיבל את החומרים. לאחרונה נזכר וינר כי גם מסמכים שמסר וביקש בחזרה - נמסרו לו מצונזרים.
סנגוריו של אל"מ וינר מלינים על כך שלא נמצאו שיחות של הרפז עם לשכת שר הביטחון, אך כן אותרו שיחות לגורמים מסוימים במשרד הביטחון והן לא נחקרו לעומק. מנגד טוען המבקר כי אל"מ וינר גימד את הפרשה והפנה אותו לתמלול שיחה באחת מישיבות פורום מטכ"ל במהלכה החליט רא"ל אשכנזי לספר על היכרותו עם הרפז אחרי שנחשפה בתקשורת ובתום דבריו פנה אל אל"מ וינר ואמר: "ארז יספר לכם על הרפז...".
וינר סיפר לאלופים פרטים שונים ובין היתר כי נהג לשוחח אתו פעמיים בשבוע. אנשי המבקר הטיחו בווינר כי ממוצע השיחות היה גבוה יותר מכפי שטען ובחלק מהמקרים וינר יזם אותם בעצמו. אנשי המבקר שלפו תמלולי שיחות של הרפז עם וינר בהם נשמע עוזר הרמטכ"ל אומר: "גבי גדול וברק קטן. אני מקווה שברק יסיים את תפקידו". וינר השיב לאנשי המבקר כי זו הייתה שיחה שהתבססה על פרסום דברי גורמים בכירים בכלי התקשורת, ולא יותר מזה.
וינר משוכנע שישנה דמות בפרשה שטרם נחשפה
אל"מ וינר כתב דו"ח משלו שמשתרע על פני 50 עמודים ובו סיפור המעשה מזווית הראייה שלו. אחד מעורכי הדין שלו אפילו צייר גרף ארוך על השתלשלות האירועים, המעיד על כך שמאז שנכנס יוני קורן לתפקידו כראש מטה לשכת השר - החיכוך בין הלשכות גבר, ומספר האירועים השליליים בין ברק לאשכנזי עלה דרמטית.
וינר משוכנע עד עצם היום הזה כי יש דמות שלישית בפרשה שטרם נחשפה והיא הייתה גורם מניע לכל העברת המידע מלשכת ברק לבועז הרפז. עד היום בטוח וינר כי רק הלוגו במסמכי הרפז היה זיוף וכל שאר הפרטים הם אמת. לדבריו כל 19 הסעיפים במסמכי הרפז - התגשמו.
אנשי המבקר גילו: 350 התקשרויות בין וינר להרפז
אנשי המבקר ניסו לשרטט את הקשר בין הרפז לווינר ולהבין עד כמה הוא היה הדוק. בדו"ח ההתקשרות שנמסר לאל"מ וינר התברר כי הם ניהלו למעלה מ-350 התקשרויות שכל אחת מהן כוללת שיחה בת שש דקות או מסרון וחיוג לטלפון שנותר ללא מענה. בפועל, טוען, וינר באמצעות מקורביו כי מספר השיחות נמוך מאחר והמספרים נספרים על פי פעימות מונה ולא כמקשה אחת. במקרה אחר הטיחו בו אנשי המבקר כי באחת השיחות נשמע הרפז מדבר איתו מבסיס סיירת מטכ"ל כשהוא מספר שהוא נמצא לא הרחק מאהוד ברק. וינר הדף את הטענה כאילו הוא סידר להרפז את הכניסה ואמר להם: "מדובר ב'יום חג היחידה' אליו מוזמנים רק אנשי סיירת מטכ"ל ובועז היה אחד מהם. אפילו אני לא יכולתי להיכנס לשם".
וינר מספר למקורביו כי הוא הגיש פניה ליועץ המשפטי לממשלה שיפתח בחקירה פלילית, כי האמת בפרשה טרם נחשפה וגורם בעל חלק עיקרי בפרשה עדיין מסתובב בטרם אמר את דברו. אחרי שכל האבק ישקע ויוגש הדו"ח או תסתיים חקירה פלילית, יידרש רא"ל בני גנץ לטאטא את חדר המטה הכללי ולהוציא את ריח הפגר שעדיין קיים.