בציבור הרחב, הוכרה דמותו של בנציון נתניהו בעיקר באמצעות בנו בנימין. מפעלו המקצועי היה מוכר בעיקר בזכות התואר "פרופסור" שהתלווה אל שמו. אפשר להניח כי את תחום מחקרו, וגם את כתביו, רק מעטים בישראל קראו. הן משום הנושא שבו עסק נתניהו, תולדות יהודי ספרד בימי הביניים, והן משום שחלק נכבד מספריו לא תורגם כלל לעברית. בין כך ובין כך ההיסטוריון בנציון נתניהו נותר בעבור רבים סמוי מהעין.
מי שבכל זאת יבקש לקרוא את מחקריו, ובהם את הביוגרפיה המופתית שחיבר על דון יצחק אברבנאל, הפרשן, הפילוסוף, המדינאי ואיש הכספים היהודי בן המאה ה-15 (שוקן 2005), יגלה כי את דרכו המחקרית של נתניהו בנבכי ההיסטוריה אפשר להגדיר כלא פחות מרדיקלית. עיקר תפיסתו נבע מהטלת ספק בהנחות היסוד ההיסטוריות שאפיינו את האקדמיה בשנות ה-50 וה-60 של המאה הקודמת בישראל. בעבור נתניהו, ראשיתה של האנטישמיות הגזענית לא היתה בגרמניה ובצרפת בשלהי המאה ה-19, כי אם 400 שנים קודם לכן בחצי האי האיברי שנשלט על ידי האינקוויזיציה, שאותה הגדיר נתניהו ככת נזירית קיצונית שביקשה לטהר את ספרד מ"האנוסים", לא בשל אי אמונה מספקת, כי אם בשל מוצאם היהודי.
מחשבה זו היא מהפכנית, משום שהיא תופסת את ההיסטוריה של יהודי אירופה ממזרח וממערב כסדנה אחת שעליה התפתחה האנטישמיות. כלומר, לשיטתו של נתניהו, קו רציף אחד מקשר בין האינקוויזיציה לבין שירות הביטחון של הרייך השלישי. וזאת בניגוד לדעה הרווחת, שלפיה האנטישמיות אינה אלא שם כולל למגוון רחב של תופעות שנאה, שהיו מנת חלקם של יהודי אירופה והתפתחו בהתאם לאופי הייחודי של המקום שבו היהודים גרו.
אפשר, אם כן, לזהות בבירור את המורשת ההיסטורית שהנחיל האב נתניהו לבנו. גם בעבור ראש הממשלה, הקו הרציף ששירטט אביו לא ניתק אלא הוא המשיך מגרמניה הנאצית אל עבר המזרח התיכון ואיראן.
האקדמיה הפסידה חוקר מובחר
על גישתו המחקרית שילם נתניהו מחיר כפול. בפעם הראשונה על כך שהניח הנחה שהיתה שונה מזו שכאמור היתה נחלתם של חוקרים רבים בישראל. וכיאה לאותן שנים, העונש על כך היה גלות, ונתניהו כידוע נאלץ לגלות לאוניברסיטת קורנל היוקרתית בארה"ב, ושם השלים את עריכת האנציקלופדיה העברית.
בפעם השנייה שילם נתניהו מחיר על השקפותיו הפוליטיות, שכן בעולם האקדמיה שנשלט על ידי אחידות מחשבה שנטתה לכיוון שמאל, לחוקרים כמו נתניהו, שזוהו עם השקפה רוויזיוניסטית, לא היה סיכוי להשתלב.
האקדמיה הישראלית הפסידה חוקר מובחר שמפעלו הוא מופת של כתיבה היסטורית. אך את שנעשה אפשר במעט לתקן, ואולי עתה תורם הכפפה וכתביו של נתניהו יזכו לתרגום עברי שימצא מקום של כבוד על מדף הספרים הישראלי.