פרופ' בן-ציון נתניהו שהלך לפנות בוקר (שני) לעולמו בגיל 102, היה היסטוריון בעל שם עולמי, שחקר לעומק את נושא האנוסים ביהדות ספרד והשלכות האינקוויזיציה על התנהגותם של אותם יהודים שנדרשו להמיר את דתם לנצרות. כמו כן חקר את תולדות הציונות.
פרופ' יוסף קפלן מהחוג להיסטוריה של עם ישראל באוניברסיטה העברית, סיפר על נקודת המבט שאפיינה את בן-ציון. "לכל היסטוריון יש את הגישה הייחודית לו. בן-ציון היה היסטוריון מלומד שחקר את נושא האינקוויזיציה בדרך קצת שונה מהגישה שהייתה מקובלת במחקר היסטוריוני היהודי".
"נתניהו טען שבדור הראשון בתחילת המאה ה-15, גדל מספרם של אותם יהודים שהמירו את דתם והזדהו לחלוטין עם הדת הנוצרית. בבעיית ההמרה של האנוסים, ביקש נתניהו להוכיח שהרבנים הספרדים כבר במהלך המאה ה-15 ראו את האנוסים כמשומדים, שהם מומרים מרצון, וביקשו לנתק מגע מהם. הגישה עוררה ביקורות לא מעטות, ובזכות סגנונו המרהיב גם באנגלית ובעברית, הצליח בן ציון לבנות את הטיעונים שלו בצורה לוגית. כמו כן, בתחום יהדות ספרד הוא תרם תרומה חשובה ביותר".
"הוא היה היסטוריון מקורי, שייצר תופעה מאוד מעניינת", הוסיף ד"ר דב סטוצינסקי מהמחלקה להיסטוריה כללית באוניברסיטת בר אילן. "מצד אחד הוא נמנה עם חוגים לאומיים שמרנים מאוד, ומאידך דגל בתפיסות מרחיקות לכת ומאוד לא שמרניות לגבי כמה נושאים. השניים הבולטים היו נושא האנוסים והאינקוויזיציה. פרופ' נתניהו היה מבין הראשונים שרצה לתת תמונה מאוד מורכבת על אותם אנשים שרצו להיטמע בתוך החברה הנוצרית".
ד"ר סטוצינסקי הזכיר גם את הביוגרפיה שכתב נתניהו על דון יצחק אברבאנל. "בספר חשף נתניהו את מורכבותו של יצחק כדמות דומיננטית ומודרנית, כמנהיג פוליטי עם רגליים על הקרקע, ויחד עם זאת גם את היותו אדם הנתון בתוך המגמות המשיחיות שלא התממשו. המחקרים של נתניהו הפכו לחובה בקרב ההיסטוריונים, אסור לפספס אותם".