שלושת שופטי בית המשפט העליון דחו פה אחד את העתירה שביקשה למנוע מצה"ל לפנות את גופות ההרוגים בג'נין. היום אמר שר הביטחון, בנימין בן אליעזר, כי במחנה יש עשרות גופות ולא מאות.
במהלך הדיון הצליחו השופטים להגיע למספר הבנות בין העותרים למדינה. על פי הסיכום, כפי שפורסם בקול ישראל, יוכלו אנשי הצלב האדום להצטרף לחיילי צה"ל בעת פינוי הגופות. יתכן וגם אנשי הסהר האדום יהיו נוכחים בעת הפינוי. בשלב הבא יזוהו הגופות על ידי הפלסטינים ואחר כך יובאו לקבורה. השופטים מציינים כי אם ישתהו הפלסטינים בקבורת הגופות יתכן וישראל תקבור אותן.
עמוס הראל, ענת ציגלמן וג'לאל בנא, כתבי "הארץ", מוסיפים:
העתירה לבג"ץ באה בעקבות הפרסום על הכוונה לקבור הרוגים, שצה"ל יזהה כמחבלים בבית הקברות לחללי אויב בבקעת הירדן. לדברי ח"כ אחמד טיבי, הוצאת הגופות מהעיר מנוגדת לחוק הבינלאומי ונועדה להסתיר מהציבור את האמת על ההרג שהיה במקום. בצה"ל טוענים שעדיין לא הוחל בקבורת הגופות, וכי הקבורה תחל רק היום. כן מציינים בצבא כי הרוגים שלא יזוהו כמחבלים יועברו לבית החולים בג'נין, ואחר לקבורה.
מקורות בישראל הסבירו שקבורת הגופות נועדה למנוע מהפלסטינים לנצל את מראן לצורכי הסברה, ולמנוע נזקים תברואתיים. ברשות הפלסטינית הביעו חשש שישראל מעוניינת להסתיר את מספרם הרב של ההרוגים, לאחר שבמשך שבוע לא הורשו צוותים רפואיים פלסטיניים לפנות פצועים והרוגים מהמחנה.
ההערכה המוקדמת - טעות של דובר צה"ל
על פי נתוני צה"ל, מוערך מספר הפלסטינים שנהרגו בקרבות במחנה הפליטים ג'נין ב-45. זאת, לעומת הערכות קודמות שיצאו מצה"ל, לפיהן נהרגו במחנה בין 150 ל-200 פלסטינים.
הסיכום הכללי של מספר ההרוגים הפלסטינים במבצע "חומת מגן" עומד, על פי צה"ל על 188 מהם 45 בג'נין, 5 בקלקיליה וטול כרם, 28 בבית לחם וחברון, ו-6 בטאמון, טובאס ותייסיר. מספר הרוגי צה"ל במבצע הוא 29. מספר הפצועים הפלסטינים במבצע מוערך ב-599, מהם 277 בג'נין לבדה. בצה"ל נמנו 125 פצועים במהלך המבצע.
גורמים בכירים במערכת הביטחון סבורים כי בצה"ל נעשתה שגיאה חמורה בפרסום הערכות מוקדמות מדי על מספר הרוגים פלסטינים גבוה, כביכול, במחנה הפליטים ג'נין. לדבריהם, פרסומים אלה גרמו נזק לתדמית הבינלאומית של ישראל ושירתו "תעמולה פלסטינית על טבח שכאילו בוצע במחנה". אחד הגורמים הפנה אצבע מאשימה לדובר צה"ל ש"עשה טעות", כדבריו.