כשהיא קמה, חייכו הציניקנים ואמרו שזו ועדה לבטלה שתוצאותיה ידועות מראש. דו"ח הביניים מלמד שלמרות הפקפוקים והספקות ועדת טירקל אינה ועדת קישוט.
בניתוח דקדקני של העובדות, עקב בצד אגודל, מלווה בעיון משפטי מעמיק, חרשו חברי הוועדה את המהלכים שהובילו להשתלטות על הספינה הטורקית, ולא הותירו אבן שלא הפכוה.
למסקנות הוועדה חשיבות משפטית
לכאורה, אין במסקנות כל חידוש עובדתי. והרי כל העם ראו את הקולות, וצפו בחיילי השייטת המושלכים כחפצים מהסיפון העליון, מותקפים במוטות. ועדיין, מבחינה מדינית ומשפטית כאחת יש חשיבות רבה ביותר לכך שכל חברי הוועדה - לרבות שני המשקיפים הזרים, מומחים בעלי שם למשפט בינ"ל - הגיעו למסקנה חד?משמעית, ולפיה היה צידוק משפטי להשתלטות על הספינה. אנשיה, כך התברר, לא היו כל כך תמימים כפי שהציגו עצמם, אלא גורם תוקפן, מצויד היטב בסכינים, גרזינים ונשק חם, שאין לו כל זיקה או קשר למחוות הומניטריות.
מצבים קשים מולידים דילמות קשות. המשט הציב אתגר שכזה בפני המערכת המשפטית הישראלית. הדין הבינ"ל קובע שספינה הנושאת דגל זר דומה ל"אי" צף, הנהנה מחסינות כמעט מלאה. בים הפתוח לא ניתן לעצור אותה אלא במקרים חריגים ביותר, ואפילו כשהיא במים הטריטוריאליים, על דרך הכלל אין למנוע ממנה זכות מעבר בתום לב אלא במקרים יוצאי דופן. הוועדה קבעה שהסגר הימי היה אחד ממקרים אלה, ולישראל היה צידוק מלא להטילו ולהגן עליו באמצעות מניעת מעבר חופשי של אוניות לעזה. אחד הקטעים החשובים בדו"ח מתייחס גם למידתיות השימוש בכוח, שהיתה פרופורציונלית לסכנה הממשית שנשקפה כתוצאה ממעבר הספינה תוך פריצת הסגר הימי.
ישראל היתה עשויה לעמוד בפני גינויים או סנקציות מצד מועצת הביטחון בשל הפרת הוראות הדין הבינלאומי. החיילים שהשתתפו במבצע עשויים היו להיעצר בחו"ל כפושעי מלחמה מכוח המשפט הבינ"ל ועקרונות סמכות השיפוט האוניברסלית. במידה רבה, החקירה ומסקנות הוועדה ניטרלו סכנות אלה.