למרות דברי השבח שהרעיפו על יוחנן דנינו בכירים במשטרה בעקבות ההודעה על מינויו, יש מי שאינו מרוצה מהחלטת השר לביטחון הפנים. יוסף סלהוב, אביו של אייל, סוכן משטרתי שנהרג לפני כארבע שנים במסגרת פעילות נגד ארגוני השפיעה, זעם כששמע על מינויו של דנינו לשוטר מספר אחת. "הבן שלי נרצח לפני ארבע שנים וארבעה חודשים. בכל הזמן הזה, אף אחד לא פנה אליי, לא שאל אותי מה קרה", אמר בכעס סלהוב.
"המינוי הוא לא רק עניין שלי, אבל הבן שלי נרצח, אשתי מתה לאחר מכן והבית שלי נהרס", אמר סלהוב. "אם דנינו טוען שהוא פנה בנושא לדודי כהן, אז שדודי כהן יבוא ויגיד למה הבן שלי נרצח. המשטרה היא גוף קטן ועלוב", אמר האב השכול.
ההכרזה על מינויו של דנינו לתפקיד נדחתה במספר שבועות, זאת בשל פרשת בר-לב ובעטיה של החקירה שמנהל מבקר המדינה מיכה לינדנשטראוס בעניינו. החקירה מתמקדת בפרשת רצח מקורות משטרתיים של ימ"ר מרכז בשנת 2006, תקופה בה כיהן כראש אגף החקירות במודיעין והיה אחראי על הפעלת המקורות. המשטרה הקימה צוות בדיקה פנימי לחקירת האירועים, אך בעקבות תלונה שהגיש נצ"מ בדימוס ישראל אברבנל בה האשים את בכירי המשטרה בטיוח החקירה, החליט מבקר המדינה לפתוח בחקירה עצמאית.
עו"ד שמחה פישלר שמייצג את ישראל אברבנל, השוטר שהגיש למבקר המדינה את התלונה בפרשת הסוכנים, אמר שבכוונתו להופיע במפני ועדת טירקל לאישור מינויים בכירים במדינה, כדי להציג בפניהם את הטענות כנגד דנינו. פישלר הוסיף שאם המינוי יאושר בממשלה ובוועדה, בכוונתו לפנות לבג"ץ.
"מדובר במינוי לא ראוי", אמר פישלר. "הן מבחינת התנהגותו של דנינו בפרשת הסוכנים ובפרשת האחים אברג'יל, הן בשל הטענות לסגירת תיק נגד המאהבת שלו, הן בשל העובדה שפרשת 'השוטרים הנוקמים' התרחשה בתקופתו, והן בגלל טענות נוספות שנבדקות על ידי המבקר, כי בתקופת כהונתו כראש אגף החקירות דיווח על נתוני פשיעה לא נכונים".
"החלטה תמוהה"
ח"כ אריה אלדד (האיחוד הלאומי) הביע גם הוא ביקורת על החלטתו של השר לביטחון הפנים: "יש להצטער על כי השר הזדרז למנות, עוד טרם הסתיימה בדיקתו של מבקר המדינה את עניין ניצב דנינו", אמר אלדד. "תמוה גם חפזונו של היועץ המשפטי לממשלה להכריע בטרם הושלמה החקירה. יש לחשוש כי חפזון זה הוא חלק מטיוח חקירות במקרים חמורים שאירעו בשורות המשטרה ואשר המשטרה והפרקליטות העדיפו שלא לחקור כהלכה. צעדים כלאו מערערים מאוד את אמון הציבור בגופי אכיפת החוק".
בתוך כך, שעה קלה לפני ההודעה על זהות המפכ"ל הבא, דחה בג"ץ את בקשת התנועה לאיכות השלטון להוציא צו ביניים שימנע מהשר לביטחון פנים לנקוב בשמו של המפכ"ל החדש. השופט אשר גרוניס כתב בהחלטתו כי "נותרו כשישה חודשים עד לסיום כהונתו של המפכ"ל הנוכחי, ולכן לא קיימת דחיפות מיוחדת בעתירה, ובוודאי שאין מקום להוציא צו ביניים". בנוסף אמר גרוניס כי אם תתקבל בתקופה הקרובה החלטה בדבר זהותו של המפכ"ל הבא, יוותר די זמן לבחינת ההחלטה על ידי בית המשפט.
ביום חמישי שעבר הודיע היועץ המשפטי לממשלה יהודה וינשטיין כי אין מניעה משפטית למנות את דנינו לתפקיד המפכ"ל, זאת לאחר שנבחנה מעורבותו בשתי פרשיות שעדיין נבדקות על ידי מבקר המדינה: פרשת רצח מקורות משטרתיים של ימ"ר מרכז בשנת 2006, תקופה בה שימש דנינו כראש אגף חקירות ומודיעין והיה אחראי על הפעלת המקורות, והתנהלות פסולה לכאורה של דנינו בקשר למעצרם של האחים אברג'יל. נצ"מ (בדימוס) פרי טוען שדנינו, בעת כהונתו כראש אגף החקירות, פעל משיקולי יוקרה אישיים ולא הביא כנדרש לחתימת הסכם עד מדינה עם חבר בארגונם של האחים אברג'יל עוד ב-2007, ובכך הוביל לאבדן חיי אדם.