הרב הראשי לשעבר מרדכי אליהו הלך לעולמו הערב (שני) בבית החולים שערי צדק בירושלים לאחר מחלה ממושכת. בן 81 היה במותו. הלוויתו תצא הערב ב-22:00 מבית מדרשו היכל יעקב בעיר.
הרב אליהו אושפז בחודש אוגוסט האחרון לאחר שאיבד את הכרתו בביתו בשכונת גבעת שאול בירושלים. לאחר מספר דקות חזר הרב להכרתו ופונה לבית החולים שערי צדק בעיר. שנה וחצי לפני כן אושפז הרב בבית החולים לאחר שלקה בהתקף לב. מספר שבועות מאוחר יותר, בעת בדיקה שגרתית, הידרדר מצבו והוא הובהל לחדר הניתוח של טיפול נמרץ לב, מצבו היה קשה, ואלפי אנשים נקראו להתפלל לשלומו.
עד לפני קצת יותר משנתיים וחצי, את רוב אנשי הציונות הדתית הובילו שני רבנים, שנחשבו גדולי תורה במעמד זהה לשל מנהיג הזרם הליטאי הרב אלישיב ומנהיג ש"ס הרב עובדיה יוסף. היו אלה הרבנים הראשיים לישראל לשעבר, ראש ישיבת מרכז הרב, הרב אברהם שפירא והראשון לציון הרב מרדכי אליהו, כאשר גם המפלגות הדתיות התחרו על תמיכתם. בספטמבר 2007 מת הרב שפירא בגיל 96. לאחר פטירת הרב שפירא, נותר הרב מרדכי אליהו כמנהיג רוחני רב עוצמה לבד, עד שגם כוחו הלך ונחלש.
נודע בפסיקותיו המחמירות
הרב מרדכי אליהו נבחר בשנת 1983 לשמש כרב הראשי הספרדי לישראל במקום הרב עובדיה יוסף וכיהן כרב הראשי יחד עם הרב אברהם אלקנה שפירא, שהיה הרב הראשי האשכנזי, עד שנת 1993. אליהו היה מקורב לרבי ישראל אבוחצירא (הבבא סאלי) וכן שמר על יחסים חמים עם אדמו"ר חב"ד הרב מנחם מנדל שניאורסון (הרבי מילובביץ').
הרב אליהו נודע כמנהיג הרוחני של הציבור הדתי לאומי, והוא נודע בפסיקותיו ההלכתיות המחמירות, זאת בניגוד לשיטתו של מנהיג ש"ס הרב עובדיה יוסף.
בצעירותו היה הרב אליהו חבר בברית הקנאים, מחתרת דתית ששמה לה למטרה להקים מדינת הלכה ולכפות את חוקי הדת היהודית במדינת ישראל. אליהו נידון לעשרה חודשי מאסר על פעולות שביצע במסגרת חברות בארגון.
בעקבות ההחלטה על תוכנית ההתנתקות הכריז אליהו כי אסור לסייע לה בשום צורה, וקרא לחיילים לסרב את פקודת הפינוי, אליהו טען כי ההתנתקות לא תתקיים והכריז כי "היה לא תהיה", רבים מתומכיו ראו באמירה זו נבואה, אולם לאחר שהתנתקות התרחשה חזרו בהם תומכיו ואמרו כי הייתה זו משאלת לב בלבד. קריאתו לסירוב פקודה עוררה סערה ציבורית בקרב הציונות הדתית, זמן מה לאחר מכן חזר בו אליהו מדבריו ואמר כי הוא מתנגד לסירוב פקודה.