מערכת הביטחון פתחה בשבוע האחרון בהליכים כנגד שתי ישיבות הסדר בשומרון, זאת בעקבות קריאות של ראשי הישיבות לחיילי צה"ל לסרב פקודות הקוראות לפנות התנחלויות. מדובר בישיבת ההסדר באלון מורה בראשות הרב אליקים לבנון וכן בישיבת ההסדר בהר ברכה בראשות הרב אליעזר מלמד. השניים צפויים להגיע לשימוע על ידי בכירים באגף כוח האדם ובמשרד הביטחון בשבוע הקרוב, שם ישמיעו את דבריהם. לדברי גורמי ביטחון, אין כוונה כעת להפסיק את תקצוב הישיבה ואת ההסכמים בין צה"ל לישיבות, אולם הרבנים יידרשו להשמיע עמדה ברורה כנגד סרבנות או עידודה.
במסגרת ההליכים, בחנה פרקליטות המדינה ביחד עם משפטנים בצה"ל ובמערכת הביטחון את אופיין של הישיבות ואת אמירותיהם של הרבנים, ובימים אלה נבחנים הצעדים הבאים כנגדם. בכירים בצה"ל, ובהם אלוף פיקוד מרכז אבי מזרחי, קראו להפסיק את הסכם ההסדר מול אותן ישיבות. עם זאת, במערכת הביטחון אמרו כי מדובר בתהליך ארוך שדורש בחינה מעמיקה ודיון עם הרב לבנון והרב מלמד בו ישמיעו את טענותיהם.
בדיון בוועדת החוץ והביטחון של הכנסת בנוגע לסרבנות בצה"ל לפני כשבועיים, מתח ראש אכ"א האלוף אבי זמיר ביקורת חריפה על רבני ישיבות ההסדר. לדבריו, הוא רואה בחומרה את דבריו של הרב אליעזר מלמד, רבה של ישיבת ההסדר הר ברכה, שכתב בספרו ש"הסרבנים מימין צודקים", ושהוא "רואה בסרבנות עמדה מוסרית". "שאלתי, האם נכון לגייס בחורי ישיבת הסדר, שכך מחנכים בה. דרשתי פעולה מעשית, ולא רק גינוי", סיפר האלוף לחברי הכנסת.
עם זאת, זמיר סייג את דבריו, בטענה "כי מדובר בישיבות שרובן מחנכות בצורה אחרת. זוהי אוכלוסייה איכותית ואסור לנו לוותר עליהם". ראש אכ"א הוסיף כי נפגש באחרונה עם הוועד הרבני בראשות הרב חיים דרוקמן במטרה לדון בסוגיית הסרבנות.