מעצרו של יעקב טייטל, החשוד כי היה אחראי לסדרה של פיגועים ואירועי חבלה בשנים האחרונות, ביניהם מעורבות בטרור נגד אנשי שמאל יהודים, מצטרף לשורה ארוכה של מפגעים יהודיים. החל מיהודים שפעלו כמפגעים בודדים ועד להתארגנויות של ממש שבמשך שנים היו למחתרות יהודיות.
מהרצח בצומת הוורדים לטבח במערת המכפלה
עוד בשנות השמונים פעלה המחתרת היהודית להטמין מטעני חבלה ברחבי הגדה בתגובה לסדרת פיגועי טרור של פלסטינים. בין חברי המחתרת היו העיתונאי חגי סגל, מנחם ליבני ומשה זר. חברי המחתרת שוחררו לאחר שנשיא המדינה דאז חיים הרצוג קצב את עונשם.
במאי 1990 רצח עמי פופר שבעה פלסטינים ופצע עשרה נוספים בפיגוע ירי בצומת הוורדים בראשון לציון. פופר נעצר וטען שבגיל 13 נאנס על ידי ערבי וביקש לנקום. בית המשפט הרשיע אותו ברצח ודן אותו לשבעה מאסרי עולם מצטברים ולעוד עשרים שנה חופפות בכלא.
במארס 1993 רצח יורם שקולניק מחבל פלסטיני כפות, שנעצר לאחר שניסה לבצע פיגוע בילדי ביה"ס בסוסיא. שקולניק טען שחשב כי המחבל נשא רימון יד ועל כן ירה בו, אולם טענתו לא נתקבלה בבית המשפט והוא הורשע ברצח ונידון למאסר עולם בשנת 1994.
שנה לאחר מכן נרצחו שלושה פלסטינים סמוך לכפר תרקומיא הסמוכה לחברון שלושה פלסטינים, כשארגון לא מוכר בשם 'הוועד לביטחון בכבישים' נטל את האחריות על המעשה. ב-1994 אירע האירוע הזכור ביותר בו היה מעורב מפגע יהודי, כאשר ברוך גולדשטיין, רופא מקריית ארבע, נכנס למערת המכפלה בחברון ופתח בירי. 29 פלסטינים נהרגו ולמעלה ממאה נפצעו. גולדשטיין עצמו נהרג אף הוא במהלך הטבח, כאשר המתפללים במערה השתלטו עליו והרגו אותו. בעקבות הטבח פרצו מהומות במרבית היישובים הפלסטיניים. 9 פלסטינים נהרגו במהומות אלה ויותר מ-200 נפצעו.
פוליטיקאים יהודים על הכוונת
שנה לאחר מכן הגיע האירוע המשמעותי ביותר של טרור יהודי כנגד יהודים, עם רצח רבין ב-4 בנובמבר 1995. יגאל עמיר, מתנקש יהודי חובש כיפה, ירה בגבו של רבין עם סיום עצרת למען השלום בכיכר מלכי ישראל, שלאחר הרצח הפכה לכיכר רבין.
חודשיים לאחר הרצח, בינואר 1996, ניסה אוהד ברט, מדריך בתנועת בני עקיבא, לדרדר את מכוניתו של השר יוסי שריד לתהום. ברט נגח במכוניתו של השר עם רכבו שוב ושוב. הוא נעצר והודה במיוחס לו, אך נידון רק לשלילת רשיון ולמאסר על תנאי.
בפברואר 1997, הטמין הארי שפירושוחט, איש תנועת חב"ד, מטען חבלה בארון הקודש במרכז היהודי של ג'קסונוויל, פלורידה, במטרה לפגוע בשמעון פרס, נשיא המדינה כיום, שצפוי היה לשאת נאום במקום. למרבה המזל, המטען שהטמין לא התפוצץ, ונמצא למחרת הנאום על ידי ילדים. שפירו נידון בארצות הברית לעשר שנות מאסר.
הטמנת מטענים וירי באוטובוסים
בשנת 2003 נחשפה מחתרת יהודית נוספת שכונתה 'מחתרת בת עין' בחשד להטמנת מטעני חבלה וכן בחשד לשורה של רציחות בלתי מפוענחות של פלסטינים. מרבית העצורים שוחררו אולם שישה מהם הורשעו ונידונו לתקופות מעצר של בין שנה וחצי ל-15 שנים.
בשנת 2004 נעצר בחיפה אלירן גולן, תושב חיפה בן 23, בחשד כי הטמין מטעני חבלה בשכונות ערביות בעיר, וכן ליד ביתו של ח"כ עיסאם מחול. גולן התאבד בשנת 2005 בתא המעצר. שנה לאחר מכן, פתח אשר ויזגן, גם הוא, כמו טייטל, תושב שבות-רחל, לעבר פלסטינים שהסיע ורצח ארבעה אנשים. ויזגן עצמו התאבד בתא המעצר לאחר מכן.
אירוע נוסף הזכור הוא פיגוע הירי של עדן נתן זאדה, חייל בן 19, שפתח באש באוטובוס בשפרעם וגם למותם של ארבעה ערבים-ישראלים. זאדה נהרג על ידי המון זועם דקות ספורות לאחר הפיגוע.