"ישראל וגורמים יהודים סייעו להדיח את נשיא הונדורס, מנואל סלאיה, במסגרת ההפיכה הצבאית במדינה", כך טוענים גורמים שונים במדינה. גם סלאיה עצמו השתתף בליבוי התיאוריות, וטען כי גורמים שכאלה מנסים אף לסלקו משגרירות ברזיל בבירה טגוסיגלפה, שם הוא מתבצר.
רוב הטענות שהושמעו בנושא מתייחסות לאפשרות שחיילים או שכירי חרב ישראלים פעלו בשיתוף עם הכוחות התומכים בנשיא הזמני של הונדורס, רוברטו מיצ'לטי, וסיפקו להם בין השאר סוג כלשהו של גז מדמיע, שנעשה בו שימוש בשגרירות שבה מסתתר הנשיא המודח. סלאיה עצמו אמר לעיתון "מיאמי הראלד", כי שכירי חרב ישראלים מענים אותו באמצעות קרינה רדיו-אקטיבית וסיפר כי החל לסבול מכאבי גרון בשל גזים רעילים שמוחדרים לשגרירות.
גם נשיא ונצואלה הוגו צ'אבס הצטרף למאשימים ובנאומו באו"ם לפני כשבוע וחצי טען, כי ישראל היא המדינה היחידה בעולם שמכירה בממשלה הזמנית שביצעה את ההפיכה בהונדורס - טענה אותה דחה ממשלו של מיצ'לטי. הממשלה הזמנית אף הכחישה, כי קיבלה סיוע ישראלי כלשהו או שהשתמשה בגז מדמיע בשגרירות, ועיתונאים שסיקרו את המשבר הפוליטי במדינה אמרו אף הם כי לא ראו כל סימן למעורבות ישראלית.
הליגה נגד השמצה הביעה הלילה (שני) דאגה לנוכח תיאוריות הקונספירציה שנפוצו בהונדורס. "ההיסטוריה לימדה אותנו שבעיתות של מהומות ותסיסה, יהודים הם מטרה נוחה, והופכים שעירים לעזאזל", אמר ראש הליגה נגד השמצה, אברהם פוקסמן. "זה מה שקורה כעת בהונדורס, שבה יש רק מיעוט יהודי קטן". לפי הערכת הארגון, במדינה שבמרכז אמריקה, בה כשמונה מיליון תושבים, חיים כיום פחות מ-100 משפחות יהודיות.
בתגובה לטענות הליגה נגד השמצה אמר סלאיה כי הוא "מכבד מאוד את המאמינים בדתות אחרות", ואף גיבה את דבריו אלה בביקורת שמתחו עליו גורמים אנטישמיים, כששילב כמה יהודים בקבינט שלו. "כאדם וכנשיא, אני קורא לכל אזרחי הונדורס להימנע מהשמעת הערות אנטישמיות כלשהן", אמר סלאיה.
הנשיא רצה כהונה נוספת והוגלה מהארץ
סלאיה נעצר בחודש יוני על-ידי חיילים, בעוד אזרחי המדינה נערכים להצביע במשאל עם שנוי במחלוקת על כוונתו לבטל את המגבלות החוקיות על כהונת הנשיא, בכדי לאפשר לו כהונה שנייה. סלאיה ניסה לעשות מהפיכה חוקתית דוגמת זו שעשה הוגו צ'אבס בוונצואלה, למרות התנגדות עזה למהלך בקרב חברי מפלגתו, הקונגרס, הצבא, ובית המשפט העליון. שעות ספורות לאחר מעצרו הועלה הנשיא על מטוס והוגלה לקוסטה ריקה ויו"ר הפרלמנט רוברטו מיצ'לטי מונה לנשיא.
לאחר שלושה חודשי גלות חזר סלאיה בחשאי לארצו לפני כשבועיים, והתבצר בשגרירות ברזיל במדינה כשהוא מקיף את הבניין בתומכיו. ברזיל, כמו רוב הקהילה הבינלאומית, עדיין רואה בסלאיה המנהיג הלגיטימי של ארצו, וטענה כי הגעתו לשגרירותה בטגוסיגלפה הפתיעה גם את עובדיה, וכי נשיאה הפציר בנשיא המודח "שלא לספק כל תירוץ למנהיגי ההפיכה לנהוג באלימות".
ביום שלישי שעבר השתמשו חיילים מצבא הונדורס בגז מדמיע וזרנוקי מים כדי לפזר אלפים מתומכיו של סלאיה שהתגודדו מול השגרירות בבירה. מאז העימותים מקיפים שוטרים וחיילים את השגרירות כל העת.