חוקרי ה-CIA עינו את חאלד שייח' מוחמד, המוח המתכנן מאחורי מתקפת הטרור ב-11 בספטמבר, 183 פעמים בשיטת העינויים הידועה לשמצה "ווטרבורדינג". חשודים אחרים בחברות בארגון אל קאעדה עונו בעזרת השיטה "רק" 83 פעמים. כך דיווח הבוקר (שני) העיתון "ניו יורק טיימס". מסמך של משרד המשפטים האמריקאי מ-2005 חושף כי טכניקת העינויים הלא חוקית, במסגרתה החוקרים שופכים כמות רבה של מים על הנחקרים באופן שמדמה טביעה ממושכת, שימשה את החוקרים במהלך החקירה של מוחמד במרץ 2003.
ביוני 2008 נפתח משפטם של חמשת הנאשמים בפיגועי הטרור. חאלד שייח' מוחמד, הנחשב למספר שלוש בארגון אל קאעדה וכמתכנן הפיגוע במגדלי התאומים, הודה במעורבות בפיגוע בניו יורק ובמעורבות ביותר מ-30 התקפות טרור ברחבי העולם. הנאשמים הנוספים הם רמזי בן אל-אשיבה, אזרח סעודי שהיה אמור לחטוף מטוס נוסף במתקפת הטרור, מוסטפה אחמד א-הוסאווי, אזרח סעודי שעזר במימון המתקפה, עלי באן אל-עזיז, עוזרו של מוחמד, ו-ווליד בן עטאש, אזרח תימן שהודה בתכנון הפיגוע בספינת הצי האמריקאית בתימן בשנת 2000, בה נהרגו 17 מלחים.
האישומים נגדם כוללים רצח של 2,973 בני אדם ותכנון 169 אירועי טרור שקדמו לפגיעה במגדלי התאומים. החמישה הם חלק מ-19 אסירים שעתידים להופיע מול בית המשפט הצבאי, והוכרזו כ"לוחמי האויב". הגדרה זו שוללת מהם את הזכויות המשפטיות הרגילות הניתנות לעצירים אחרים.
נשיא ארצות הברית ברק אובמה אסר את השימוש בווטרבורדינג והפך בכך את מדיניות בוש, שאמנם טענה כי אינה דוגלת בעינויים אבל למעשה אפשרה אותם. בינואר, בכירה בפנטגון, האחראית על פיקוח על שיטות החקירה במתקן הענישה גואנטנמו, אמרה בראיון ל"וושינגטון פוסט" כי ממסקנות חקירתה עולה כי אחד העצורים בכלא עבר עינויים. סוזן קרופורד היא הבכירה הראשונה בממשל בוש, מבין אלו החוקרים את ההתנהלות בגואנטנמו, שהודתה בפומבי כי עצור בכלא עבר עינויים. מדינות רבות מתחו ביקורת על ארה"ב בגין הפעלת מתקן הענישה בקובה וטכניקות העינויים המיושמות בו.
ה-CIA עושה ככל העולה על רוחו
המזכר הוא אחד מארבעה שפרסם ממשל אובמה בשבוע שעבר, המאשרים "חקירה אגרסיבית". על פי המסמכים, שהתבססו על למעלה מ-3,000 דוחות מודיעין, השתמש ארגון ה-CIA בטכניקות חקירה אכזריות בין השנים 2002 ל-2005. על פי ה"ניו יורק טיימס", עותקים של המזכר לגבי מוחמד כללו את מספר הפעמים שהוא עונה בווטרבורדינג. עוד עולה מהמסמכים כי ה-CIA השתמש בטכניקה פעמים רבות יותר מאשר מאפשרים חוקי הארגון.
בכירים בממשל בוש טענו בעבר כי שיטות העינויים האכזריות היו הכרחיות על מנת להוציא מידע מפי החשודים. אך מספר הפעמים שמוחמד עונה בווטרבורדינג צפוי להעלות שאלות לגבי יעילות השיטה ולגבי הטענה כי החוקרים היו כפופים לקווים מנחים נוקשים ביותר .
אובמה יגיע היום לביקור במטה ה-CIA. לדברי ראש סגל הבית הלבן, רם עמנואל, הוא אינו צפוי לתבוע את בכירי ממשל בוש בגין התוויית מדיניות העינויים. לטענת אובמה, האשם העיקרי במדיניות זו הוא משרד המשפטים.