מתחקיר הפיגוע באלי סיני, עולה כי אחד משני הצוותים של סיירת מטכ"ל שהוזנקו ליישוב במהלך האירוע, הורד מן המסוק ולא הגיע בסופו של דבר לשטח. הסיבה: הרמטכ"ל ועוזריו ביקשו להגיע אף הם למקום האירוע, והוחלט כי המסוק ישמש אותם.
גורמים בצה"ל אמרו ל"קול ישראל", כי "עם כל החשיבות שהיתה לנוכחותו של הרמטכ"ל במקום האירוע הרי שלא ייתכן שחיילי סיירת מטכ"ל, שנקראו למקום לפעילות מבצעית דחופה כאשר עדיין לא היה ברור היכן מתבצרים המחבלים, יבטלו את משימתם רק משום שהרמטכ"ל מופז ביקש להיות אף הוא במקום. דובר צה"ל סירב להגיב על הטענה הזאת.
בסוף השבוע פירסם המקומון הירושלמי "כל העיר" כי מפקד האוגדת עזה תא"ל ישראל זיו ומפקד החטיבה הגיעו למקום כשהם אינם בכוננות. השניים נאלצו לשאול ציוד צבאי, נשק, מחסניות וקסדה מחיילים בשטח, והותירו אותם ללא אפשרות לפעול. בתום האירוע הם השיבו את הציוד השאול לחיילים. מפקד פלוגת המילואים שאיבטחה את היישוב, הורה לחייליו בעקבות המקרה: "להבא, גם אם הרמטכ"ל אישית מבקש ממכם ציוד, עליכם לסרב לו". מדובר צה"ל נמסר כי מפקד האוגדה הוזעק מאירוע משפחתי ואכן נעזר בחיילים בשטח אולם השיב להם את הציוד תוך דקות".
הערכת צה"ל: לא יוסקו מסקנות אישיות
עוד העלה תחקיר צה"ל, כי גדר ההתרעה האלקטרונית המקיפה את היישוב היא חסרת משמעות. בתחקיר התגלה כי הגדר סיפקה התרעה כשהמחבלים חצו אותה, אך חלפה כמעט חצי שעה עד שההודעה הועברה לצה"ל. מתברר כי המידע על נגיעות חשודות בגדר מתקבל בחמ"ל המתיישבים בגוש קטיף ומועבר בזימונית לקצין הביטחון האזורי, לרכז הביטחון של היישוב ולמזכיר היישוב.
מהתחקיר עולה שאמינות הגדר נמוכה מאוד, וגם בצה"ל לא מתייחסים להתרעות האלה באופן חריג. הסיבה להתרעות השווא היא נגיעות של בעלי חיים, עלים ואפילו רוח חזקה או קצר חשמלי. התחקיר מגלה עוד כי בזמן שבין ההתרעה על הנגיעה ועד לתחילת המתקפה, כשלושת רבעי שעה, שהו המחבלים בין גדר ההתרעה הראשונית לגדר רשת, הקרובה יותר לבתי היישוב.
למרות תוצאותיו הקשות של האירוע - שני הרוגים ו-15 פצועים - התחקיר משבח את פעילות הכוחות שהיו בשטח, שחתרו למגע עם המחבלים ופעלו באומץ ובנחישות. לאור זאת, מעריכים בצה"ל, כי לא יוסקו מסקנות אישיות נגד איש מהגורמים המעורבים בלחימה באלי סיני.