בשיאו של משבר שביתת המרצים פרץ משבר פנימי בגוף המפקח על האוניברסיטאות - המועצה להשכלה גבוהה. שרת החינוך יולי תמיר, המכהנת גם כיו"ר המועצה להשכלה גבוהה (המל"ג), מאיימת לפטר את מנכ"ל המועצה סטיבן סתיו - לדבריה, בשל תפקוד לקוי של המל"ג תחת ניהולו. תמיר אמרה ל-TheMarker כי איום הפיטורים אינו קשור לשביתת המרצים, וגם אינו צפוי להשפיע על ניהול המשבר מול המרצים לנוכח "התפקיד השולי שממלאת מל"ג במשבר".
תמיר טוענת כי המועצה להשכלה גבוהה רוקנה דה-פקטו מתפקידיה בשנים האחרונות, ונהפכה לוועדה לענייני "אישור תוכניות לימוד" בלבד. תמיר מצביעה על כך שבישיבות של מליאת המל"ג כמעט שלא נדונים נושאי תכנון או שאלות מהותיות אחרות, כמו היחס בין האוניברסטאות למכללות, חשיבות הקמת מרכזים להשכלה גבוהה בפריפריה, אם יש צורך בהקמת אוניברסיטה נוספת בישראל והיכן.
בפועל, ההחלטות בנושאים אלו מתקבלות על ידי הוועדה לתכנון ותקצוב של המל"ג, הות"ת, על אף שהות"ת אמורה היתה להיות זרוע ביצועית של המל"ג בענייני תקצוב ותכנון.
הות"ת היא כיום הגוף המרכז בידיו את העוצמה ואת יכולת קבלת ההחלטות, ואילו המל"ג נותרה כמעט מרוקנת מסמכויות. "זה כאילו שוועדת הכספים היתה מקבלת החלטות במקום מליאת הכנסת", אומרת תמיר כשהיא מסבירה מדוע לדעתה יש להשיב סמכויות התכנון והמדיניות למל"ג, שהיא הגוף הנבחר שחברים בו נציגי האוניברסיטאות, המכללות ואישי ציבור (לפי בחירת שרת החינוך).
של מי המנכ"ל הזה?
סתיו מכהן כמנכ"ל המל"ג והות"ת גם יחד. המחלוקת בינו לבין שרת החינוך התעוררה כבר לפני כמה חודשים, סביב מינוי סמנכ"ל תכנון חדש בות"ת, השאלה למי הסמכות למנות אותו - ואם הוא צריך לכהן בות"ת או שמא במל"ג.
מחלוקת נוספת התעוררה כנראה בשל רצונה של תמיר לבקש מטנה שפניץ, שעומדת בראש ועדת המינויים במגזר הציבורי, לבחון שאלות של ניגודי עניינים הנוגעות לחברי המל"ג. מרבית חברי המל"ג הם נציגי האוניברסיטאות והמכללות - כך שנציגי המפוקחים הם חברים בגוף המפקח.
כנגד הדרישה של תמיר להעביר סמכויות מהות"ת למל"ג עומדת טענה של אנשי הות"ת, כי המל"ג הוא גוף פוליטי - נציגי האוניברסטאות והמכללות, בבחירתה של שרת חינוך - בעוד הות"ת היא הגוף המקצועי הנטול השפעות פוליטיות. תמיר דוחה את הטענה הזאת, ואומרת כי "דווקא המל"ג היא המחסום בפני פוליטיזציה. כשעלה הרעיון להקים בית ספר לרפואה בגליל, מפני שכך רצו הפוליטיקאים, אני התעקשתי שלא הפוליטיקאים יקבלו את ההחלטה אלא רק המל"ג - הגוף היחיד שיש לו ראייה מערכתית כוללת של ההשכלה הגבוהה".
מהות"ת נמסר בתגובה כי "לאחר שנבחרה המועצה להשכלה גבוהה החדשה במארס 2007, נוצרו חילוקי דעות בין ראשי המל"ג לראשי הות"ת בשאלות הנוגעות לתכנון לטווח ארוך ועל חלוקת עבודה בין שני הגופים. נושאים אלו נמצאים מאז בדיון פורה בין המל"ג לות"ת, וכבר הוקמו צוותים משותפים כמו הצוות לדיון בהמלצות ועדת שוחט.
בנוסף קיימים חילוקי דעות בין חברי המל"ג לבין חברי הות"ת והמנכ"ל סטיבן סתיו, באשר לאחריות וסמכות המינויים בות"ת (ועדת השירות), והמחלוקת הובאה על ידי שרת החינוך להכרעת היועץ המשפטי לממשלה. על רקע זה היו חילופי דברים בין שרת החינוך לבין המנכ"ל לגבי תפקודו".