מותו של לוחם סיירת מטכ"ל סמל תמיר נבואני הבוקר בתאונת אימונים, מצטרף לשורה של אירועים טראומתיים שהיכו את היחידה המובחרת. הסיירת, שבין בוגריה ניתן למנות אישים רבים ומפקדיה הפכו לימים למנהיגי המדינה, עולה לכותרות בעיקר כאשר מדובר בהקשרים שליליים. רובם המוחלט של מבצעי הסיירת אינם ידועים, אולם על פי מקורות זרים לקחה חלק משמעותי בתקיפת המתקן הגרעיני בסוריה בספטמבר השנה.
היחידה לקחה חלק פעיל במבצעים בעומק לבנון גם במהלך המלחמה האחרונה, אולם ברור הוא שהסיכונים שלוקחת הסיירת באימוניה ובמבצעיה הם גבוהים מאוד, ולא פעם האירועים מסתיימים באופן טרגי.
במאי 92' יצאו שני לוחמי היחידה, ערן עופר וירון בר דור, למסע ניווט בהר שלמה הסמוך לאילת. במהלך הניווט חטפו השניים מכת חום חזקה במיוחד, והתייבשו למוות. בעקבות האסון הוקם צוות מיוחד שתיחקר את מות השניים. התחקיר העלה ממצאים קשים ומפקד הסיירת, תת אלוף במיל' עמוס בן אברהם ועוד שני קצינים מהיחידה הועמדו לדין. בן אברהם אף נשפט ל-90 ימי מאסר על תנאי ובעקבות כך התפטר מפיקוד הסיירת אולם המשיך להתקדם בצבא, עד שפרש ב- 2006 כמפקד המכללה לפיקוד ומטה.
מצאלים ב' ועד נחשון וקסמן
אולם אין ספק כי תאונת האימונים הקשה ביותר שחוותה היחידה המובחרת היה אסון צאלים ב', בנובמבר 92. הדי התאונה הקשה, במהלכה נהרגו חמישה מלוחמי היחידה, ממשיכים להכות גלים עד היום.
במהלך תרגיל של הסיירת בו צפו בין היתר הרמטכ"ל דאז ומי שעמד בראש הסיירת בעברו אהוד ברק וסגנו אמנון ליפקין שחק, אחד מהלוחמים ירה בשוגג טיל לעבר קבוצת חיילים שביצעה אימון במקום. כתוצאה מהרי נהרגו חמשת החיילים ונפצעו חמישה נוספים. שלוש שנים לאחר מכן הואשם ברק כי נמלט מאיזור האסון מבלי שסייע לפצועים. ברק דבק בגרסתו כי עזב את המקום רק לאחר שכל הפצועים פונו. רק ב- 97' בעקבות בדיקה של מבקר המדינה נוקה ברק מכל חשד וטענותיו התקבלו.
אולם לא רק בתאונות איבדה הסיירת לוחמים. לאחר תחילתה של הפסקת האש בין ישראל לחיזבאללה בסוף מלחמת לבנון, יצאה היחידה למבצע באיזור בעל בק שפרטיו נותרו חסויים עד היום. במהלך חילופי אש קשים בין לוחמי היחידה לחיזבאללה נהרג אחד ממפקדי הסיירת, סא"ל עמנואל מורנו ז"ל. העובדה כי קצין בכיר ביחידה נהרג במהלך מבצע צבאי היוותה מכה קשה לצה"ל. סודיות המבצע ונסיבות מותו של מורנו נשמרים בקפדנות וחל איסור מוחלט לפרסם את תמונתו.
ב-1994 נהרג קצין נוסף ביחידה, סרן ניר פורז ז"ל, במהלך ניסיון הפריצה לבית בו הוחזק החייל נחשון וקסמן, שנחטף על ידי חמאס כשבוע קודם לכן והוחזק בבית בביר נבאללה. לאחר מותו קיבל פורז את צל"ש הרמטכ"ל.