הממשלה החליטה הערב לקיים מחר יום אבל לאומי מחר לאות הזדהות עם העם האמריקאי. ההחלטה התקבלה במשאל טלפוני בין השרים. במסגרת ההחלטה הורה שר הפנים, אלי ישי, לכל הרשויות המקומיות ומוסדות המדינה להוריד מחר את הדגלים לחצי התורן.
ראש הממשלה, אריאל שרון, קיים הלילה מסיבת עיתונאים בעקבות הפיגועים בארה"ב. שרון אמר כי "ההתקפה הנפשעת היום על אזרחים תמימים בארה"ב מהווה נקודת תפנית במלחמה נגד הטרור העולמי".
לדבריו ישראל מוכנה להעניק כל סיוע לו תזדקק ארה"ב. ראש הממשלה ציין כי החל מהיום "לא יהיה מקום בעולם בו יוכלו הטרוריסטים למצוא מחבוא. זו מלחמה בין טוב לרע". שרון שלח את תנחומיו לעם ולנשיא האמריקאי: "בשעה קשה זו ליבנו איתכם".
שר התחבורה שוהה כעת בניו יורק והיה עד להתרחשויות
בעקבות מתקפת הטרור החליט שר התחבורה, אפרים סנה, על אמצעי אבטחה חמורים במסגרתם הוכרזה כוננות חירום במרחב האווירי של מדינת ישראל. בהודעה שפרסם משרד התחבורה נמסר כי ב-24 השעות הקרובות לא תתאפשר נחיתת מטוסים של חברות תעופה זרות בנמל התעופה ע"ש בן גוריון. הנחיתה בנמל התעופה "בן גוריון" תותר רק למטוסי חברות התעופה הישראליות, אל על, ארקיע וישראייר.
בנוסף, נסגר נמל התעופה לטיסות יוצאות של חברות התעופה הזרות. לפיכך, המטוסים היחידים שיורשו לעזוב את השדה יהיו מטוסי שלוש חברות התעופה הישראליות. גם טיסותיהן של החברות הישראליות יוגבלו ביעדיהן. היעד היחיד אליו תצאנה טיסות ביממה הקרובה הוא אירופה.
השר סנה, השוהה כעת בניו יורק, היה עד להתרסקות שני המטוסים הראשונים על מגדלי התאומים.