בשנה האחרונה ביצע ארגון "יש דין" מחקר הבוחן את מימוש זכויות הפלסטינים למשפט הוגן ב[[בתי המשפט הצבאיים]] בשטחים. אולם, לאחר שמזה חודשים רבים ניסו בארגון לקבל מהצבא את הפרוטוקולים ללא הצלחה, הם הגישו עתירה ל[[בג"ץ]] בדרישה לאפשר עיון בפרוטוקולים. בג"ץ לא פסק בנושא, מפני שעוד לפני שהתכנס החליטה המדינה להתערב והודיעה שתאפשר לגופים ציבוריים לעיין במסמכים.
ב"יש דין" בירכו על ההחלטה, שתאפשר לראשונה לתקשורת, לארגוני זכויות אדם ולגופים נוספים להיחשף לעשרות אלפי תיקים שהתנהלו ומתנהלים בבתי המשפט הצבאיים. עד כה, הגישה לתיקים אלו לא התאפשרה. בתי המשפט הצבאיים פועלים כיום באזור הגדה המערבית ועיקר עיסוקם הוא בעניינים פליליים-בטחוניים. הנשפטים בבתי משפט אלו הם באופן גורף פלסטינים.
לדברי היועץ המשפטי של הארגון, עו"ד מיכאל ספרד, "סירובו הגורף של צה"ל לאפשר עיון והעתקה של הפרוטוקולים הבלתי חסויים היוותה הפרה חמורה של עקרון פומביות הדיון שהוא ציפור הנפש של כל מערכת משפטית". לדבריו, "אני שמח כי בעקבות הגשת העתירה שינה הצבא את עמדתו מהקצה אל הקצה. העמדה הראשונית של הצבא העלתה ניחוח של ניסיון להסתיר את המתרחש במערכת המשפטית".
צה"ל: הצענו להם להגיש בקשה
בצה"ל הכחישו נמרצות כאילו ניסו להסתיר דבר מה בסירובם הראשוני לעמותת "יש דין", והסבירו שחוסר הנגישות לפרוטוקולים נבע מעקשנותם של אנשי "יש דין" שלא להגיש בקשה בהתאם לנהלים. בתגובת צה"ל שהועברה לוואלה! חדשות נכתב, כי "מערכת בתי המשפט ביהודה ובשומרון פועלת על פי הסטנדרטים המקובלים בבתי המשפט האזרחיים הישראלים".
דובר צה"ל הדגיש ש"פרוטוקולים והחלטות של הדיונים נמסרים מיד לאחר הדיון לצדדים. אולם, עמותת 'יש דין' אינה צד לדיונים ולכן אינה זכאית לקבל פרוטוקל במעמד הדיון". לטענת צה"ל, "הצענו לעמותת 'יש דין' להגיש בקשה בהתאם לנהלים הקיימים, שתאפשר להם לעיין ולהעתיק פרוטוקולים, אך העמותה טרם פנתה בבקשה מתאימה לבית המשפט".
עם זאת, תגובת צה"ל לא עולה בקנה אחד עם טענות אנשי "יש דין". לדבריהם, ב-15 באוקטובר 2006 נשלח מכתב מנציב פניות הציבור בצה"ל ובו נכתב, כי "לאחר בירור, צר לי להודיעך שלא נוכל להיעתר לבקשתך". לדבריהם, דובר צה"ל לא דיבר אמת כשטען שבארגון לא פנו כנדרש. כמו כן הם ציינו שרק בשל פנייתם החליטו בתי המשפט הצבאים לאמץ את הסטנדרטים המקובלים בבתי המשפט האזרחיים הישראלים, ולא קודם לכן.