משרד המשפטים טוען כי גדר ההפרדה הינה פתרון זמני, שנהגה בשל שיקולים ביטחוניים, ועל כן נהנה מלגיטימציה של המשפט הבינלאומי. זאת, במסמך שהעביר [[משרד המשפטים]] למנכ"ל הסניף הישראלי של ארגון זכויות האדם [[אמנסטי]], ובו תגובת ישראל לטענות נגדה שהועלה במסמך שפרסם הארגון לציון 40 שנים למלחמת ששת הימים.
בין השאר נטען בדו"ח אמנסטי כי הקמת גדר ההפרדה, עליה החליטה הממשלה, תגרום ל-60 אלף פלסטינים להילכד במרחב התפר בין ישראל לרשות הפלסטינית. כמו כן נטען, כי המדינה מקשה על חיי הפלסטינים במרחב התפר ובמעבר בשערים וכי ישראל פוגעת בכלכלה הפלסטינית.
בתגובת משרד המשפטים נטען כי הקמת גדר ההפרדה היא אמצעי זמני, עליו הוחלט מטעמים ביטחוניים, וכי גם המשפט הבינלאומי מתיר למדינה להשתלט על קרקע לצרכי צבאה וביטחונה. עוד נטען בתשובה, כי רק כ-8,000 פלסטינים ימצאו עצמם גרים במרחב התפר, וכי טענות הארגון על עשרות אלפים כאלו הינה "משוללת יסוד".
שכם הינה "בירת טרור"
בתגובה לטענה על פגיעה בכלכלה הפלסטינית, אמרו במשרד המשפטים כי נתוני הלשכה המרכזית לסטטיסטיקה מצביעים על מציאות אחרת: לפי נתוני הלמ"ס, טענו, המסחר בין ישראל לרשות הפלסטינית ב[[יהודה ושומרון]] עלה בשנת 2005 ב-12%, לעומת 2004, וכי ב-2006, למרות עליית תנועת חמאס לשלטון, המשיך לעלות היקף המסחר, וגדל ב-3% נוספים.
בקול ישראל דווח, כי בנוגע לטענת הארגון על הטלת מצור על העיר שכם, אמרה המדינה כי שכם היא "בירת הטרור" וכי בתקופה של שלושה חודשים סיכלו כוחות הביטחון לפחות 14 פיגועי התאבדות שמקורם בשכם.