ארגון אמנסטי אינטרנשיונל לזכויות אדם פרסם את הדו"ח השנתי לשנת 2006, בו הוא סוקר הפרות של זכויות אדם ברחבי העולם. בדו"ח, הארגון מאשים את ישראל בבצוע פשעי מלחמה במהלך מלחמת לבנון השנייה, ובהפרת זכויות אדם של פלסטינים בשטחים.
בפרק המתייחס למדיניות ישראל בשטחי הרשות הפלסטינית, קובע הדו"ח שהפלסטינים סבלו בשנה שחלפה מהדרדרות במצבם ההומניטרי בשל ענישה צבאית וכלכלית שהפעילה ישראל. בדו"ח מצוין ש-650 פלסטינים נהרגו מאש צה"ל בשנה זו, פי שלושה מבשנת 2005. בין ההרוגים 120 ילדים. לפי הדו"ח הפלסטינים הרגו 21 אזרחים ישראלים וששה חיילים.
לדברי מחברי הדו"ח, הצבא והמתנחלים מפרים את זכויות היסוד של הפלסטינים, מגבילים את תנועתם ופוגעים ביכולת הפרנסה שלהם ובנגישותם לטיפול רפואי. בקול ישראל דווח כי רוב החיילים והמתנחלים שהרגו פלסטינים שלא כדין לא באו על עונשם, לשון הדו"ח.
200 הרוגים מנפלי פצצות מצרר
גם בפרק המתייחס למלחמת לבנון השנייה, ארגון אמנסטי מאשים את ישראל בפגיעה באזרחים ובתשתיות. לפי הדו"ח 1,200 בני אדם נהרגו בהפצצות צה"ל במערכה, ובהם מאות ילדים. כך דווח בגלי צה"ל. לפי הדו"ח, שימוש צה"ל בפצצות מצרר הוביל למותם של 200 בני אדם בדרום לבנון עד סוף שנת 2006, גם לאחר שהמערכה הסתיימה.
הארגון מותח גם ביקורת על ארגון חיזבאללה וארגונים פלסטינים המבצעים ירי על אזרחים.
בתגובה, צה"ל דוחה את מסקנות הדו"ח וטוען כי הוא "לוקה באי דיוקים מהותיים. צה"ל עושה כל אשר לאל ידו, כדי למזער פגיעה בחפים מפשע". לפי דובר צה"ל "אין לגזור דין שווה על מדינת ישראל, הפועלת במסגרת החוק הבינלאומי למימוש זכותה להגנה עצמית, ובין ארגוני הטרור המבקשים להרוג אזרחים ללא הבחנה".