ראשית הפרשה, שהולידה את ועדת זיילר, ברציחתו של העבריין פנחס בוחבוט בבית החולים תל השומר ב-1999 על ידי השוטר לשעבר צחי בן אור.
האחים עודד ושרון פריניאן, כך נטען, היו אלה ששלחו את בן אור ואת שמעון אלמקייס למשימת הרצח.
צחי בן אור
חמש שנים לאחר מכן נרצח בן אור עצמו בדירתו במקסיקו, על פי טענת הפרקליטות, על ידי שליחיהם של האחים פריניאן, גדי חזן וערן חייא.
צחי בן-אור היה שוטר במשטרת ישראל במקביל לעבודתו כשכיר חרב בשירותם של הפריניאנים, אך הסתכסך עמם. בן-אור הודה ברצח בוחבוט, אך הודאתו לא הביאה את הפרשה לכדי פענוח בשל כישלון המו"מ שניהל עם ימ"ר (יחידה מרחבית) דרום להפיכתו לעד-מדינה. בן אור ירד למחתרת וברח מהארץ בשנת 2002 ובדצמבר 2004 נרצח במקסיקו. כשנה לאחר מכן, התפרסמה הפרשה לראשונה בתכנית "עובדה" בערוץ 2.
משה קראדי
כתב המינוי של הוועדה הסמיך את חבריה לבדוק את התנהלות גורמי המשטרה בטיפול בחקירות הנוגעות לאחים פריניאן החל מרצח פנחס בובחבוט ועד לרצח במקסיקו ב-2004. כמו כן, הוועדה בדקה את התנהלות הפרקליטות בנוגע למגעים עם עד המדינה צחי בן אור.
הבדיקה לגבי מפכ"ל המשטרה משה קראדי היא באשר לכהונתו ב-2003 כמפקד המחוז הדרומי, תחתיו נחקרה פרשת רצח העבריין פנחס בוחבוט בידי האחים. הפרשה נחקרה במחוז מ-1999. בתוקף תפקידו קראדי החליט למנות את ניצב-משנה יורם לוי למפקד היחידה המרכזית בדרום, הממונה על החקירה. וזאת, למרות החשדות שהועברו אליו לפיהם לוי מקורב לאחים ומעדכנם בחקירות המשטרה אודותם.
יורם לוי
המחלקה לחקירות שוטרים בדקה בעבר טענות לפיהן ניצב-משנה לוי העביר מידע משטרתי חסוי וחומרי חקירה לבני משפחת פריניאן, שהיו יעד משטרתי, והזהיר אותם מפני פשיטות משטרתיות על בית קזינו שניהלו. מח"ש זיכתה את לוי מהחשדות נגדו אך הורתה להעמידו לדין משמעתי על התנהלותו המקצועית.
ערן שנדר
פרקליט המדינה ערן שנדר, היה ראש המחלקה לחקירות שוטרים באותה תקופה.