סיום הכיבוש הבריטי ב"הודו ההיסטורית" בשנת 1947 סימל עבור רבים בדרום אסיה ובעולם כולו את קץ הקולוניאליזם. הבריטים חוקקו את חוק העצמאות להודו, שחילק את "הודו ההיסטורית" בין ההינדים למוסלמים: הודו להינדים, ופקיסטן שכללה בנוסף לפקיסטן גם את בנגלה-דש של היום (שכונתה פקיסטן המזרחית) למוסלמים. החלוקה אמורה היתה להביא ליציבות המיוחלת באזור. אך אותה שנה בישרה דווקא את האות לתחילת מתיחות עקובה מדם.
שתי המדינות האחיות הפכו ליריבות מרירות. לבד מהמלחמות בקשמיר (ראה הרחבה נפרדת), נלחמו הודו ופקיסטן בשלישית ב-1971. תושבי פקיסטן המזרחית דרשו עצמאות, שגררה שפיכות דמים. בעקבותיה נהרו אלפי פליטים פקיסטנים להודו השכנה. פקיסטן החליטה להפציץ בסיסים צבאיים של הודו, והתגובה ההודית לא איחרה לבוא. המלחמה עלתה לאיסלמבאד באובדן חיים של כ-100 אלף חיילים ובפרידה מהחלק המזרחי של המדינה שהפך למדינה עצמאית, היא בנגלה-דש.
בשנת 1972 נעשה ניסיון חלוצי של שתי המדינות להתגבר על היריבות הדדית והחשדנות. נשיא פקיסטן, זולפיקאר עלי בוטו, וראש ממשלת הודו, אינדירה גנדי, נפגשו בעיירה שימלה שבהרי ההימלאיה ההודים, והגיעו להסכמה טנטטיבית על קו הגבול בקשמיר. ההסכם כונה "הסכם שימלה". בשנים העוקבות, שופרו בהדרגה היחסים הדיפלומטיים ושיתוף הפעולה הכלכלי. ב-1974 הסכימו שתי המדינות לחדש את קשרי הדואר והטלקומיניקציה ולנקוט אמצעים להקל על המעבר ביניהן. בשנת 1976 הופשרו יחסי הדיפלומטיה וקשרי הסחר, לאחר חמש שנים של קיפאון. בשנת 1985 חלה התפתחות חשובה, כשכל אחת מהמדינות הצהירה שלא תתקוף את המתקנים הגרעיניים של רעותה.
ביקור היסטורי ב-2001
החרפת הסכסוך בקשמיר בסוף שנות השמונים, עקב תחילת פעילות המורדים בחבל, כמו גם האצת מירוץ החימוש, הרעו את יחסי שתי המדינות. ניסויי הטילים, שביצעו שתי המדינות בשנת 1998, הביאו אותן לשפל חסר תקדים.
בפברואר 1999, הסתמן מפנה, כשראש ממשלת הודו, אטאל ואג'פאיי, הגיע לביקור בבירת פקיסטן. לאחר הפגישה עם עמיתו הפקיסטני, נוואז שריף, הסכימו שני המנהיגים על צעדים קונקרטיים למניעת פריצתה של מלחמה גרעינית. ואג'פאיי, שדיווח על התקרבות בפגישה, הצהיר לאחריה כי "אין דרך אחרת מלבד השלום". ואולם, ההפיכה הצבאית שהעלתה את הגנרל פרבז מושראף לשלטון ב-1999, סימן פרק חדש-ישן בשלטון הפקיסטני וביחסיו עם הודו, והמתיחות בין המדינות הלכה וגברה. ועידת פסגה שהתקיימה ביולי 2001 הפיחה תקוות רבות לניסיון לגשר על הפערים בין שתי המדינות. מושראף הגיע לאגרה שבהודו לקיום ועידת פסגה היסטורית עם ואג'פאיי. אך לאחר שלושה ימים, נכשלו המנהיגים בניסיון להגיע להצהרה משותפת, והפסגה הוגדרה ככישלון.