הרמטכ"ל הנחה את יחידות הצבא לנקוט צעדים כדי לתקן את הליקויים השונים שנחשפו בדרגים השונים. חלוץ הורה למפקד זרוע היבשה למהר ולגבש מערכת מדדים שתקבע את כשירות הכוח הנשלח לגזרות השונות. הרמטכ"ל גם ביקש מוועדת אלמוג להרחיב את פעילותה ולבדוק את התנהלות המטה הכללי ופיקוד צפון באירועים שהובילו לחטיפת החיילים.
קצינים בכירים העבירו ביקורת על הרמטכ"ל. קצין אחד טען כי "לרמטכ"ל אין ברירה, הוא חייב ללכת. בכל יום שהוא לא הולך הוא גורם נזק למערכת. אין חוכמות. מעולם לא היה משבר כזה בצבא. הוא גדול יותר ממשבר יום כיפור. מפקד האוגדה התפטר, אלוף הפיקוד התפטר, והרמטכ"ל צריך להיות הבא בוןר. האירוע לא הסתיים בפיקוד הצפון, והכשלים של המטה הכללי שבראשו הוא עומד. לא ברור לי למה הרמטכ"ל מתעקש להישאר בתפקיד. הוא לא מסוגל לשקם את הצבא". כך דווח ב"ידיעות אחרונות".
עמוס הראל, ניר חסון, הארץ:
"האחריות בצבא מתחילה בעומד בראשו, בוודאי כשמדובר בהליכים אסטרטגיים"; כך אמר אמש האלוף (מיל') דורון אלמוג במסיבת עיתונאים בתל אביב, שבמהלכה הציג את מסקנות צוות התחקיר בראשותו. אלמוג מתח ביקורת חריפה מאוד על פעילות צה"ל, בכל הרמות, לפני החטיפה וטען: ניתן היה למנוע חטיפת החיילים, אילו נקט צה"ל את הפעולות הדרושות.
עיקרי המסקנות של ועדת אלמוג
הרמטכ"ל, רב-אלוף דן חלוץ, דחה אתמול את המסקנות בדבר תפקוד המטה הכללי בתקופה שקדמה לחטיפת שני החיילים בידי חיזבאללה. טרם הגשת הדו"ח, הגיש מפקד אוגדת הגליל (91), תא"ל גל הירש, מכתב התפטרות מצה"ל לחלוץ. חלוץ כן קיבל את המלצת אלמוג כי מפקד החטיבה המרחבית בזמן החטיפה, אל"מ חן ליבני, לא יוכל לשמש בתפקידי פיקוד.
אלמוג אמר אמש כי ניתן היה למנוע את החטיפה ב-12 ביולי, שבעקבותיה פרצה המלחמה בלבנון, אם הפקודות של אוגדת הגליל היו מגיעות לדרגי השטח ומיושמות. הוא קבע כי הסיור יצא לדרכו ביוזמת אודי גולדווסר, מפקד אחד הג'יפים שהוא גם אחד החטופים. הדרך שבה יצאו החיילים לסיור, אמר, "היתה כמעט כמו לטיול". הוא ציין כי בכל שלושת השבועות שבהם הוצבה פלוגת המילואים בגבול, לא הוצאה אף משימה פלוגתית באופן מסודר, כנדרש. לדברי אלמוג, האחריות הכבדה ביותר היא על כתפיו של מפקד האוגדה, תא"ל הירש, שנכשל במשימתו. "קיים פער עצום בין הבנת איום החטיפה לבין היערכות למניעתו לאורך הגזרה", אמר אלמוג.
אולם, עיקר הביקורת של הצוות כוונה לדרגים בכירים יותר. אלמוג מתח ביקורת קשה על הפער שבין התוכניות שיזם תא"ל הירש לביצוען החלקי בידי כוחותיו בשטח. ואילו המטכ"ל, טען, לא התייחס ברצינות הראויה לאזהרת ראש אמ"ן הקודם, האלוף אהרן זאבי (פרקש) מדצמבר 2005 כי חיזבאללה צפוי להגביר את מאמצי החטיפה וכי השנה הנוכחית יכולה להיות שנת הסלמה בצפון.
הביקורת על המטכ"ל עמדה בלב ויכוח בין חלוץ לאלמוג בדיון בפורום מטכ"ל אתמול בבוקר. הרמטכ"ל דחה את המסקנות וההמלצות של הצוות באשר לדרג הבכיר וביקש מאלמוג להגיש לו "השלמות" לחקירה. בעת הדיון, עלתה לא פעם המחלוקת לטונים גבוהים.
שר הביטחון, עמיר פרץ, הודיע אמש כי הוא מקבל את התפטרות הירש והביע הערכה לפועלו. פרץ הצטרף לחלוץ בדחיית המסקנות של אלמוג בעניין המטכ"ל.
מחליפו המיועד של הירש הוא תא"ל עימאד פארס. אולם, מינוי פארס מוקפא, לנוכח החלטת שר הביטחון על הקפאת סבב המינויים. הירש הביע נכונות להישאר כמה שבועות כדי לסייע בכניסה מסודרת של פארס לתפקיד. אך ייתכן שהאצת לוח הזמנים תחייב שינוי גם בשיבוץ מפקד אוגדה 91.