כוחות צה"ל, ימ"מ ומשטרה ביצעו במהלך הלילה פעולות עליהן הוחלט בישיבת הקבינט אתמול, בעקבות הפיגוע בירושלים. במזרח ירושלים סגרו לפנות בוקר כוחות ימ"מ ומשטרה את בניין האוריינט האוס המשמש את הרשות הפלסטינית. דובר משטרת ירושלים מסר כי בנוסף נסגרו תשעה משרדים נוספים השייכים לרשות במזרח העיר.
מפכ"ל המשטרה, שלמה אהרונישקי, אמר אחר הצהריים כי המשטרה מניחה כי בניין האוריינט האוס לא יוחזר לפלסטינים. "שוטרים יישארו במקום כל זמן שיידרש. זמן רב היו באוריינט האוס פעילויות שבהן ניסו הפלסטינים ליצור שלטון משלהם בתוך ירושלים וזה היה הבסיס לסגירת המקום", אמר. במשך היום הפגינו במקום עשרות פלסטינים ואנשי שמאל ישראלים, וחלקם ניסו לפרוץ בכוח למתחם הבניין. המשטרה עצרה תשעה מפגינים, ושני שוטרים נפצעו באורח קל במהלך פיזור ההפגנה.
בית משפט השלום בירושלים שיחרר בערבות שישה מתוך שבעת השומרים הפלסטינים שנעצרו בהשתלטות על הבניין הלילה. אחד מהם, סמי פרחאן בן 32, יישאר במעצר עד יום שלישי. השבעה נעצרו באשמת אחזקה בלתי חוקית של נשק לאחר שבחדרם נמצא רובה 'עוזי' ומחסנית מלאה בכדורים.
מטוסי חיל האוויר הפציצו הלילה את מטה המשטרה הפלסטינית המרכזי בגדה המערבית, ברמאללה. לטענת ישראל המקום שימש לתכנון פעולות טרור. תשעה משרי הקבינט תמכו בהחלטה, ביניהם שר הביטחון בנימין בן אליעזר. שמעון פרס ויתר שרי העבודה החברים בקבינט התנגדו לתגובה.
בשכונת אבו דיס בעיר השתלטו כוחות צה"ל על מרחב בית המושל והבתים הסמוכים לו. בנוסף, תקפו מטוסי צה"ל הלילה את מפקדת משטרת איו"ש ברמאללה. בהודעת דובר צה"ל נאמר כי הבתים באבו דיס משמשים ברובם כמפקדות של מנגנוני הבטחון הפלסטינים: כוח 17, המודיעין הכללי, מנגנון המודיעין המסכל, המודיעין הצבאי והמשטרה הפלסטינית. אבו דיס מוגדרת כשטח B ו-C הנמצא באחריות בטחונית ישראלית. ב"קול ישראל" דווח שבפשיטה על משרדו של המושל התגלה מטען צינור. גורמי ביטחון מסרו שהדבר מצביע על כך ששהמשרדים לא היו רק מקום פוליטי, כפי שטוענים ברשות.
עוד נאמר בהודעת צה"ל, "לאור העובדה כי הרשות הפלסטינית מפעילה מנגנוניה על מנת לשלח מפגעים לביצוע פעולות טרור ואינה פועלת למניעתו, הוחלט להשתלט על המתחם ולסלק את משרדי המנגונים משם".
מזכיר הממשלה גדעון סער אמר בלילה: "הפעילות נועדה להניע את הרשות הפלסטינית להיאבק בטרור ובאלימות". סער הוסיף כי פעולות צה"ל והמשטרה שבוצעו הלילה נגד הרשות הפלסטינית בוצעו תוך ניסיון להימנע מאבדות בקרב אזרחים ובמטרה לגרום לרשות להילחם בטרור ולעמוד בהסכמים עליהם חתמה. עוד אמר סער: "בעקבות הפיגוע בירושלים אפשר היה רק לתאר מה היה קורה אילולא הייתה נוקטת הממשלה במדיניות הסיכול, המצב הזה היה מסובך בהרבה", דברי סער.
בלחץ אמריקאי: ערפאת גינה את הפיגוע
ההחלטה על התגובה הישראלית התקבלה כאמור בישיבת הקבינט תוך התנגדות של שר החוץ שמעון פרס ושניים משרי העבודה: מתן וילנאי ואפרים סנה. קודם לישיבה כינס שרון את המטבחון המדיני כדי לדון בפעולות התגובה. בדיון השתתפו בנוסף לשר הביטחון בנימין בן אליעזר ולשר החוץ שמעון פרס גם שר האוצר סילבן שלום, סגנית שר הביטחון דליה רבין-פילוסוף, הרמטכ"ל שאול מופז וצמרת צה"ל.
בשעות הראשונות לאחר הפיגוע קיים בן אליעזר הערכת מצב בלשכתו בהשתתפות עם הרמטכ"ל מופז, ראש השב"כ אבי דיכטר, מפקד חיל האוויר וצמרת צה"ל.
יו"ר הרשות הפלסטינית, יאסר ערפאת, גינה אמש את הפיגוע בירושלים וקרא לממשלת ישראל לפרסם הצהרה משותפת להפסקת אש ולהתחלת יישום דו"ח מיטשל תחת פיקוח בינלאומי. "אני מגנה את ההתקפה במערב ירושלים, ואני מגנה כל פעולה שפוגעת באזרחים", מסר ערפאת בהודעה לסוכנות הידיעות רויטרס.
בשעות הערב פורסמה ההודעה בנוסח שונה במקצת בטלוויזיה הפלסטינית, לאחר קטיעה מפתיעה של השידורים. בנוסח שפורסם בטלוויזיה יוחסה ההודעה לרשות הפלסטינית, ולא לערפאת. כמו-כן, נאמר כי הרשות מגנה כל פעולה הפוגעת ב"אזרחים חפים מפשע", לעומת "אזרחים" בהודעת ערפאת. בנוסף, בהודעה המאוחרת לוותה הקריאה לפיקוח בינלאומי במילים "דחוף ומיידי".