ישראל החליטה להעמיד לדין את מזכ"ל ארגון התנזים בגדה, מרואן ברגותי, בבית משפט אזרחי. זאת במטרה להעניק למשפט חשיפה מירבית ובניגוד למקובל, כי פלסטינים הנאשמים במעורבות בפיגועים נשפטים בבתי דין צבאיים. דובר משרד המשפטים, יעקב גלנטי, מסר לסוכנות הידיעות "רויטרס" כי "משפטים בבתי דין צבאיים זוכים לפחות חשיפה, ואנו רוצים שהציבור יראה את הראיות וידע כי הצדק נעשה". לדבריו, טרם הוחלט מתי יחל המשפט.
ההחלטה היא חלק מהנחיה של היועץ המשפטי לממשלה, אליקים רובינשטיין, להגיש כנגד חמישה מ"ראשי המחבלים" שנעצרו במהלך מבצע "חומת מגן" כתבי אישום בבתי משפט אזרחיים, ביניהם ברגותי. ממשרד המשפטים נמסר, כי במקרים מסוג זה קיימת סמכות שיפוט הן בבתי הדין הצבאיים והן בבתי הדין האזרחיים. ההחלטה לקיים את המשפטים בבית דין אזרחי, נובעת לדברי גלנטי, גם מ"בכירותם של אותם ארכי-מחבלים וזיקתם לשורה של פיגועים בשטח ישראל".
ארבעת החשודים הנוספים הם נאסר עוויס, מפקד התנזים באזור שכם; תאבת מרדאווי, חבר בכיר בארגון הג'יהאד האיסלאמי תושב ג'נין; עבאס אל-סייד, מבכירי החמאס בשומרון, ממתכנני הפיגוע במלון פארק בנתניה; נאסר אבו-חמיד, מפקד התנזים באזור רמאללה.
"אני מנהיג נבחר ולא אסיר פלילי"
ברגותי, 42, נמצא במעצר מאז נלכד בידי צה"ל ב-16 באפריל. ברגותי חשוד כי עמד בראש ארגון שיזם פיגועים רבים כנגד ישראל, בהם נהרגו ונפצעו מאות ישראלים, וכן במעורבות אישית בפיגועים ספציפיים. ברגותי מכחיש את ההאשמות נגדו, וטוען כי הוא מנהיג פוליטי המתנגד לכיבוש הישראלי. גורמי הביטחון הממונים על חקירת ברגותי טוענים כי בידיהם ראיות כבדות משקל נגדו. על פי המידע הזה, אנשיו של ברגותי, שנעצרו ונחקרו, מסרו עדויות הקושרות אותו באופן ודאי לביצוע מעשי טרור.
כתב "הארץ" עמוס הראל, מוסיף:
הגרסה הישראלית היא שברגותי ייסד את התנזים (ארגון - בערבית), שהיה בתחילת דרכו סוג של "משמר אזרחי תמים" והתפתח לזרוע צבאית נוספת של הפתח בראשות יאסר ערפאת.
הפלסטינים טוענים שגרסת ישראל נובעת מחוסר הבנה בסיסית. על פי הגרסה הפלסטינית, "תנזים פתח" אינו אלא ארגון הפתח עצמו. ברגותי אכן פעל רבות לפיתוחו ולהרחבתו של הארגון, שהיה מסגרת פוליטית, בלי כל קשר לאימונים צבאיים או לנשק. כעבור זמן, חלק מסוים מתוך התנזים התארגן כזרוע צבאית לוחמת, "גדודי חללי אל-אקצה". לטענת הפלסטינים, לא ברגותי אחראי לכך.
ברגותי אמר בעבר: "עמדתי היא שאני חבר פרלמנט, ולכן ישראל אינה רשאית לשפוט אותי. אני מנהיג נבחר, לא אסיר פלילי. זאת העמדה ואני לא זז ממנה".
מרואן ברגותי נחשב למועמד פוטנציאלי לרשת את יו"ר הרשות הפלסטינית, יאסר ערפאת. בסקרי דעת קהל ממוקם לרוב ברגותי במקום השני ברמת הפופולריות לאחר ערפאת.