גורמים במשרד החוץ בישראל הגיבו הבוקר (שבת) בביטול לטענות פעילי המשט לעזה, לפיהן ישראל פועלת באמצעים אגרסיביים כדי לפגוע במיזם הבינלאומי, ואף חיבלה בספינות. "ישראל היא לא ג'יימס בונד", אמרו במשרד החוץ בתגובה להאשמות לפיהן ישראל היא זו שעומדת מאחורי התקלות הטכניות שמנעו עד כה את יציאתן של שתי ספינות למשט. "אין לנו קשר לזה". לבד מאותו גורם, הוסיף גם דובר משרד החוץ, יגאל פלמור, כי "להטיח את ההאשמות בישראל, בלי ראיות, חקירה או ניסיון לבדיקה של גורמי אכיפת החוק - זה מעשה נלעג ולא ראוי. אם המארגנים סבורים שהייתה חבלה מכוונת, למה לא הגישו תלונה למשטרה? מה יש להם להסתיר?"
בספינה השוודית "ג'וליאנו", אותרה תקלה טכנית חמורה, ובספינה האירית Saoirse נתגלתה תקלה במדחף. באתר האינטרנט הרשמי של הפעילים מהספינה נכתב כי "ככל הנראה, החבלה נעשתה על ידי סוכנים ישראלים". עוד נכתב שם כי הנזק הינו משמעותי, וכי אילו הייתה הספינה בלב ים בעת שנגרמה לה החבלה היא הייתה יכולה לסכן חיי אדם. פלמור ציין עוד כי ההאשמות האיריות מגוחכות עוד יותר לנוכח הודעת משטרת טורקיה היום, לפיה לא נעשתה חבלה מכוונת לספינה בעודה עוגנת בטורקיה. העיתון הטורקי "הורייט" דיווח עוד כי להערכת הטורקים, החבלה למדחף - אם בכלל הייתה כזאת - נעשתה עוד בטרם הגיעה למים הטריטוריאליים של טורקיה.
המשט לעזה - כותרות אחרונות:
היוונים נכנעו לסחיטה הציונית
תקלה בספינה נוספת במשט: כנראה חבלה ישראלית
פעילים טוענים: חיבלו בזדון באחת מספינות המשט
הספינה שיצאה מיוון לכיוון עזה הושבה לנמל
להערכת המשתתפים במשט, בין האמצעים שהפעילה ישראל נמנים גם "איומים וסחיטה", שהביאו ל"כניעה היוונית", במסגרתה עצרו אתמול אנשי משמר החופים היווני את הספינה האמריקאית "Audacity Of Hope" כשזו הפליגה לעזה. ד"ר ערפאת מאדי, העומד בראש ארגון "הקמפיין האירופי להסרת המצור על עזה", הוסיף כי הוא וייתר הארגונים העומדים מאחורי המשט לעזה "נחושים לשבור את המצור המוטל על הרצועה".
מאדי ציין שהוא ואנשיו ימשיכו "לנסות בכל האמצעים העומדים לרשותנו לשבור את המצור על עזה, המהווה הפרה של כל החוקים הבינלאומיים וההומניטריים. יותר מכך המצור נחשב לפשע מלחמה". לדבריו, משט החירות השני נחל הצלחה בכך שהצליח להעלות למודעות הבינלאומית את השלכתו של המצור, וכן את המצב הקשה של תושבי עזה.
בתוך כך, גורמים בירושלים מסרו כי בימים האחרונים התקבלו מספר דיווחים לפיהם בכוונת פעילים פרו-פלסטיניים לערוך אירוע מחאה בנמל התעופה בן גוריון, לאחר שינחתו בטיסות מחו"ל. ממשרד החוץ נמסר בתגובה כי "כל מי שינסה להפר את הסדר יטופל בהתאם לחוק, וכפי שהייתה נוהגת כל מדינה בעולם".