כלי תקשורת בסודאן ובמצרים מדווחים כי ישראל הפציצה מחסן תחמושת בחרטום, שבו אוחסנו רקטות ארוכות טווח שיועדו לחמאס. לפי גורמים בסודאן, התקיפה אירעה לפני כעשרה ימים, בבסיס צבאי בצפון הבירה. ואולם, דובר של צבא סודאן הכחיש כי מדובר בפעולה זרה.
גורמים אחרים ששוחחו עם העיתון "סודאריס" הרואה אור בסודאן, אמרו כי האתר משמש את נתיב אספקת הנשק של איראן לחמאס. לדבריהם, התקיפה ב-10 ביולי. יום קודם לכן, בא נשיא סודאן עומר אל-בשיר לקטאר, ונפגש עם ראש הלשכה המדינית של חמאס, חאלד משעל.
סודאן משמשת כאחד הנתיבים המרכזיים להעברת משלוחי נשק למדינות אחרות באפריקה, כמו גם לרצועת עזה. בחודש שעבר, קבע האו"ם כי ספינת הנשק Klos-c, שנלכדה על ידי ישראל בים האדום, נשלחה מאיראן לסודאן. על פי פאנל מומחים שמינה האו"ם, בניגוד לעמדת ישראל, הנשק יועד למדינה האפריקנית ולא ישירות לחמאס.
ישראל סירבה להתייחס לכמה דיווחים שהתפרסמו בשנים האחרונות על אודות תקיפת מחסני נשק בסודאן. בין היתר, דווח באוקטובר 2012 על פיצוץ אדיר במפעל הנשק "ירמוכ" שבחרטום. נשיא סודן בשיר גינה את התקיפה יחד עם נשיא מצרים דאז מוחמד מורסי ועם חאלד משעל. חודש קודם לכן דיווחה סוכנות רויטרס כי מזל"ט ישראלי הפציץ שיירה שהובילה אמצעי לחימה, וכי 200 טונות של אמצעי לחימה, שהיו בדרכם לעזה, הושמדו.
פעולות חשאיות נוספות בשטחי סודאן נומקו בעשור האחרון ככאלו שנועדו לסכל את שיתוף הפעולה של איראן עם ארגוני הטרור ברצועת עזה.
באפריל 2009 דווח כי ישראל או ארה"ב השמידו ספינת נשק איראנית שעגנה לחופי סודאן. ב-1998 הפציצה ארה"ב מפעל לתרופות בסודאן, שנחשד כי היה בבעלותו של מנהיג אל-קאעדה לשעבר אוסמה בן-לאדן, שחסה בשעתו במדינה לפני שנמלט לאפגניסטן. התקיפה הייתה תגובה לפיגועים בשגרירות האמריקניות בקניה ובטנזניה, שנהגה על ידי בן לאדן וגרם למותם של מאות בני אדם.