ג'וחר צארנייב, הצעיר האמריקאי-צ'צ'ני החשוד בפיגוע בבוסטון, החל לתקשר עם חוקריו והוגש נגדו כתב אישום. בחקירתו במיטת האשפוז, טען ג'וחר, בן 19, כי אחיו הבכור טמרלאן (26) שנהרג בחילופי אש עם המשטרה, היה "המוח" מאחורי המעשה, ואמר כי השניים לא היה קשורים לארגוני טרור בינלאומיים אלא פעל, לדבריו, מטעמי דת. לפי רשת סי-אן-אן, לחוקרים אין מידע לפיו האחים צארנייב פעלו בבוסטון בעזרת סייענים, אך הם ממשיכים ללקט ראיות כדי שיוכלו לשלול לגמרי את ההנחה הזו. במקביל נבדק חשד האם האחים תכננו לשגר מתקפה נוספת בזמן שנמלטו מהמשטרה.
בתוך כך, המשטרה בבוסטון מנסה לחקור האם האח הגדול טמרלאן היה מעורב גם ברצח משולש ולא-פתור של שלושה יהודים, אחד מהם ידידו הקרוב, בחודש ספטמבר 2011. לפי האתר "פורוורד", הנרצחים היו ברנדן מס, אריק וייסמן ורפאל טקן. החוקרים סברו עד כה כי השלושה נרצחו במסגרת עסקת סמים, שכן גופותיהם אותרו בדירה בפרבר וולתם כשלצדם מריחואנה רבה, וגרונותיהם משוספים. עם זאת, למרות הקשר הטוב בין טמרלאן לאחד הנרצחים, הוא לא הגיע להלוויה.
מפרטי התלונה הפדרלית נגד ג'וחר עולים פרטים נוספים על כתב האישום נגדו. לפי התלונה, סרטון וידאו תיעד אותו נעמד מול "מסעדת פורום" סמוך למסלול מרוץ המרתון ומניח שם את תיק הגב שלו. לאחר מכן הוא נראה משתמש בטלפון הנייד שלו, ומסיים את השיחה שניות ספורות לפני שנשמע הפיצוץ. "כמעט כל האנשים הביטו מזרחה (לעבר קו הסיום של המרתון) ובהו לשם בחרדה ובבלבול, אך מחבל מס' 2 (ג'וחר), כמעט לבדו ממול המסעדה, נראה רגוע". לאחר מכן, נכתב במסמך, ג'וחר נע מערבה, ועשר שניות לאחר מכן נשמע הפיצוץ במקום שבו הניח את התיק.
סנאטור רפובליקני: לחקור את צרנאייב ללא זכויות
מאז שנלכד ביום שבת, ג'וחר מתקשר עם החוקרים בכתב בשל פצע ירי בצווארו, אך החל להשיב לשאלות גם באמצעות הנהונים. הוא השיב גם במלמול לשאלה אחת, וענה "לא" כאשר נשאל אם ביכולתו לממן עורך דין. הוא מאושפז בבית החולים "בית ישראל" בבוסטון בשל פצעי ירי בראשו, בצוואר, ברגלו ובאחת מידיו. ייתכן שאיבד את חלק מיכולת השמיעה שלו כתוצאה מהדף הפצצות סביבו.
ג'וחר, שאיבד דם רב, נתון תחת השפעת משככי כאבים, אך נמסר כי הוא צלול ומודע לסביבתו. לבית החולים הובא לפנות בוקר (שלישי) שופט שהקריא לו את זכויותיו בנוכחות עורך דין שנשכר עבורו, והקריא לו את כתב האישום נגדו. בימים האחרונים תמכו כמה סנאטורים רפובליקנים בהחלטה לחקור את ג'וחר חקירה ראשונה מבלי שיוקראו לו זכויותיו ("אזהרת מירנדה"), בהתבסס על ההנחה שיש סכנה מיידית לשלום הציבור. כמה מהמחוקקים, ובראשם הסנאטור לינדסי גראהם אף טען, באמירה שנויה במחלקות שעוררה סערה והתנגדות מצד משפטנים בכירים, כי אסור לאפשר לצארנייב לשמור על זכות השתיקה.
בפיגוע בבוסטון נהרגו שלושה בני אדם. עם זאת, ג'וחר צארנייב אינו מואשם ברצח אלא ב"שימוש בנשק להשמדה המונית שעלול לגרום למוות המוני", עבירה שעשויה לגרור עונש מוות. המושג "נשק להשמדה המונית" מגדיר, בין היתר, את הפצצות שצרנאייב מואשם בהנחתן במסלול המרוץ ואת אלו שהושלכו לעבר השוטרים במהלך חילופי האש במצור שהתנהל מולו וומול אחיו.
בתוך כך, באף-בי-איי דחו אמש את הטענות לפיהן החוקרים כשלו לזהות במועד את ההקצנה הדתית של האח הגדול טמרלאן. הבולשת תישאלה לראשונה את טמרלאן בשנת 2011 לפי בקשה של השגרירות הרוסית, מפני שמוסקבה חששה שטמרלאן, שעבר להתגורר במסצ'וסטס, "הפך לפעיל איסלאם קיצוני". גורמים באף-בי-איי טוענים כעת כי אחרי שלא נמצאו ראיות לפיהן טמרלאן מהווה סיכון לארה"ב, נסגר תיק החקירה שנפתח לבקשת הרוסים, והחוק לא היה מתיר לפתוח אותו מחדש ללא סיבה רשמית.