אמנם הרמטכ"ל לשעבר גבי אשכנזי ורעייתו רונית צפויים להיחקר במסגרת חקירת שיבוש המהלכים בפרשת "מסמך הרפז", אך חלקו של אשכנזי עצמו בתיק הוא משני כך מעריכים היום (חמישי) במשטרה. גורם המעורה בחקירה רמז כי ייתכן שבניהו ווינר פעלו על דעת עצמם מתוך רצון לרצות את מפקדם - אשכנזי - ולא בטוח כלל שהוא היה מעורב ישירות בעבירות. בשלב זה, מתמקדת המשטרה בחקירתה במזייף המסמך, בועז הרפז, בראש לשכת הרמטכ"ל לשעבר ארז וינר ובדובר צה"ל לשעבר אבי בניהו.
עוד על פרשת הרפז:
טלטלה בפרשת הרפז: ארז וינר ואבי בניהו נעצרו
המפכ"ל: "החקירה בפרשת הרפז נכונה, לא נעשה הנחות"
פרשת הרפז: אהוד ברק דורש החזר הוצאות מהמדינה
מהחקירה, המתנהלת ביחידה לחקירות הונאה, עולה כי כשנחשף המסמך המזויף ב-2010, ונפתחה חקירת המשטרה במטרה לחשוף את מי שזייף אותו, החלו בלשכת הרמטכ"ל לפעול להדיפת הביקורת הציבורית שהייתה צפויה לעלות כלפי הלשכה וכלפי העומד בראשה גבי אשכנזי. לנגד עיניהם עמד אויב אחד: שר הביטחון דאז, אהוד ברק, ובלשכת הרמטכ"ל הוחלט להתגייס למסע הכפשות ולאסוף מידע מפליל על אודות לשכתו.
במסגרת החקירה, עברו במשטרה על הקלטות של כ-80 אלף שיחות מתוך לשכת הרמטכ"ל, והן מצביעות, לטענת המשטרה, על דפוס ברור של תכנון הכפשות ואיסוף של מידע מפליל על השר ברק, וכן של תיאום גרסאות בין הצדדים המעורבים. המשטרה חושדת שווינר ובניהו פעלו נמרצות בניסיון להסיר מעצמם, מהלשכה ומהרמטכ"ל את האחריות למסמך. במשטרה סבורים כי הממצאים החדשים חשובים יותר מהבחינה הציבורית מאשר באספקט הפלילי, בשל מסע ההכפשות שניהלה הלשכה של אשכנזי.
כמו כן, מעריכים במשטרה כי בשל ההקלטות המפלילות, שמשמשות ראיה פיזית לחשדות, הסבירות שווינר ובניהו יועמדו לדין פלילי בפרשה גבוהה ביותר. לשניים מיוחסות עבירות של שיבוש מהלכי משפט, קשירת קשר לביצוע פשע, פגיעה בפרטיות, מרמה והפרת אמונים, השמדת ראיה וגילוי בהפרת חובה.
בחיפוש בביתו של בניהו נמצא מחשב צבאי ובו חומרים מסווגים ברמת "סודי ביותר", אולם על פי המשטרה מדובר בממצא משני ביחס לעבירות החמורות יותר שמיוחסות לו ולווינר. "זהו רק ספיח, שצריך לבדוק אותו, אבל הוא לא קשור בכלל לפרשה המרכזית", הסביר גורם המעורה בפרטים.
חשוב להדגיש כי הפרשה הנוכחית, שזכתה לשם "פרשה 404" ועוסקת בשיבוש המהלכים מתוך לשכת הרמטכ"ל בעקבות חשיפת "מסמך הרפז", אינה קשורה ישירות ל"פרשה 303" פרשת זיוף המסמך עצמו. לחשודים הנוכחיים לא מיוחסת מעורבות בכתיבת המסמך המזויף.