סגן שר החוץ, דני אילון, תקף הערב (חמישי) בחריפות את מדיניותו של שר הפנים, אלי ישי, בכל הקשור לאופן הטיפול באזרחים זרים מאפריקה. "זה עניין של דמגוגיה פוליטית וקמעונאית", אמר אילון באירוע במכללת גורדון בחיפה. "זהו דבר שהסב נזק בלתי רגיל לישראל. שגרירי מדינות זרות אמרו לנו שזו זכותנו לא לקבל מסתננים, זו זכותה של כל מדינה, אבל תהיה גם אנושיים. אם אתם מחזירים אותם לסודן, ואני תומך בזה כי זה הסכם בינינו לדרום סודן, אל תעשו זאת בצורה תקשורתית. "מה פתאום מגיע שר הפנים לשדה התעופה להשפיל אותם בצורה מתוקשרת? זה חמור ביותר. אנו אמרנו את דברים כמשרד חוץ ואני מקווה שזה לא יחזור על עצמו".
האירוע עליו מדבר אילון התרחש ביוני האחרון, כאשר הגיע ישי לנמל התעופה בן גוריון כדי לעקוב אחר התקדמות תהליך החזרתם של 123 אזרחי סודן לארצם ואף הצטלם איתם. "עם כל הכאב, עם כל הקושי, ניתן להתרשם שחלק גדול מאזרחי דרום סודן עוזבים ברצון ובשמחה. בסופו של דבר, באופן הכי הומני שיכול להיות, נחזיר את כולם הביתה", אמר שר הפנים. שר החוץ, אביגדור ליברמן, הגיב אז לצילומים של ישי בביקורת. "מזמן לא ראיתי כזאת דברת כל כך מזיקה כמו כל הפסטיבל סביב ההחזרה הביתה של אזרחי דרום סודן", אמר ליברמן.
זאת לא הייתה הפעם הראשונה שמתגלעת מחלוקת בין משרד החוץ למשרד הפנים בגלל סוגיית המסתננים. ביוני מתחו במשרד החוץ ביקורת חריפה על כך שישי נפגש עם שגריר אריתריאה בישראל מבלי שעדכן את אנשי המשרד. אנשי המשרד הביעו זעם על כך שישי בחר לדון עם השגריר האריתראי, טספמרים טקסטה דבס, על דרכים לשיתוף פעולה להחזרת האזרחים הזרים מהמדינה לארצם, בעוד כלל אין לכך גיבוי מדיני.
במאי אמר שר החוץ, אביגדור ליברמן, בראיון מיוחד לוואלה!חדשות, כי "זה אחד הנושאים שכמה שפחות נדבר וכמה שיותר נעשה - ככה זה יועיל יותר. ההתלהמות וכל הסיסמאות זה נזק נטו". כשנשאל האם בדבריו נגד התלהמות הוא מתכוון לשר הפנים, או לחברי הכנסת מירי רגב ודני דנון מהליכוד שכינו את האזרחים הזרים בכינויים שונים, הדגיש ליברמן כי כולם מתלהמים. "אני מוכן לקבל כל שם שתנחשו", אמר.