תנועת הרכבות ביום הזיכרון תפעל על פי לוח זמנים ייעודי ותתוגבר עד השעה 15:00 - כך הודיעה הבוקר (ראשון) רכבת ישראל. בתוך כך, הרכבות היוצאות מתחנת באר שבע מרכז בשעות 08:59, 09:59, 10:59 ו-11:59 תסיימנה נסיעתן בתחנת חיפה מרכז השמונה, עם שירות לתחנות הביניים בתל אביב אוניברסיטה, חיפה חוף הכרמל ובת גלים. הרכבות היוצאות בשגרה בתל אביב מרכז לבאר שבע מרכז תחלנה נסיעתן בתחנת חיפה מרכז השמונה בשעות 11:06, 12:06, 13:06 ו-14:06, עם שירות לתחנות הביניים בבת גלים, חיפה חוף הכרמל, ותל אביב אוניברסיטה. מתחנות רכבת מסוימות יופעלו הסעים לבתי העלמין. הרכבת תסיים את פעילותה ביום זה בדומה לשעת סיום פעילותה ביום רגיל.