הפרקליט הצבאי הראשי, תת-אלוף דני עפרוני, הורה לפתוח בחקירה פלילית נגד הרמטכ"ל לשעבר, רב-אלוף (במיל') גבי אשכנזי, ועוזרו, אלוף-משנה ארז וינר, בשל פרשת מסמכי הרפז. זמן קצר לאחר כניסתו לתפקיד ביקש תא"ל עפרוני ממבקר המדינה את חומרי החקירה על מנת ללמוד את הפרשה ולבחון אם יש לנקוט הליך פלילי או משמעתי. גורם צבאי מסר כי בעקבות עיון בחומרים עלה חשד לפלילים במעשי אשכנזי ווינר. לפיכך הוא המליץ תחילה לרמטכ"ל, רב-אלוף בני גנץ, לבטל את מינויו של וינר כקצין חינוך ראשי וכעת הורה על פתיחת חקירה פלילית. גורם צבאי רשמי אישר את הדברים אך סירב להתייחס לכך.