שר הביטחון, אהוד ברק, התייחס בראיון לערוץ 2 למשט לעזה ולשאלה האם אכן ישנו מודיעין לגבי קיום של חומרים כימיים על הספינה שמטרתם לפגוע בחיילי צה"ל. ברק אמר כי "אני מניח שיש מידע ממשי שאחד החומרים שבאחת הספינות הוא של 'זבל כימי', שאנחנו לא מרשים להכניס לעזה. בין זה לבין התארגנות קונקרטית לפגוע בחיילי צה"ל יש הבדל, אבל צריך להתכונן", והוסיף כי "אני בטוח שצה"ל מוכן הרבה יותר טוב מבעבר, זה לא מסע של צופים וצריך להיות מוכנים לכל ההתפתחויות. הנחת העבודה שנמסרה לכוחות היא שהם עלולים לפגוש התנגדות אלימה, והם מתכוננים ברצינות לכל האפשרויות".