ראש הממשלה, בנימין נתניהו, התחייב אמש (שבת) בפני יושב ראש הרשות הפלסטינית, אבו מאזן, כי ייעשו כל המאמצים כדי להביא לדין את האחראים לתקיפת הפלסטינים שלשום סמוך להתנחלות בת עין. את הדברים אמר נתניהו לאבו מאזן בשיחה בה גם בירך אותו לרגל עיד אל-פיטר.
כבר שלשום החלה ישראל בהידברות עם הרשות, בניסיון להרגיע את המתיחות לאחר האירוע, שבו הושלכו בקבוקי התבערה לעבר מונית בה נסעו בני משפחה פלסטינים, ושישה נפצעו. יום לאחר הפיגוע העביר נתניהו, באמצעות שליחו המיוחד עורך הדין יצחק מולכו, מסר לאבו מאזן ולראש הממשלה, סלאם פיאד, בו ביקש להדגיש את חומרת האירוע. מולכו הדגיש בשם נתניהו כי "כוחות הביטחון עושים מאמצים נרחבים לאתר את האחראים כדי להביא אותם לדין", וכן מסר כי נתניהו "יעקוב אחרי הטיפול הרפואי שמקבלים הפצועים בישראל", והציע כל עזרה נוספת.
נתניהו הגיב במהרה גם לאחר האירוע, וכמה שעות בלבד לאחר האירוע פרסם הודעת גינוי חריפה, בה הדגיש כי הנחה את השב"כ לפעול בנחישות לתפיסת מבצעי הפיגוע. "זה מעשה חמור ביותר", אמר נתניהו, "נעשה הכול לתפוס את האחראים ולהביא אותם לדין".
בעקבות האירוע, גם בגוש עציון גינו את המעשה, אשר נחשד כאירוע של טרור יהודי. "זהו אירוע מזעזע ביותר שאינו מתאים לרוח של גוש עציון", אמר אמיתי פורת, תושב כפר עציון, הסמוך למקום האירוע. "מי שעשה את זה הוא פושע, ואני מקווה שייתפס וייענש". על החשד כי הפיגוע יצא מבת עין, העדיף פורת להמתין עד לחקירת המשטרה. "נכון שיש אנשים בעלי דעות קיצוניות בבת עין, אבל אין לי ספק שמרבית התושבים שם מסתייגים ומתנגדים בכל תוקף למעשים האלה. אירוע כזה הוא בפירוש לא דרכנו. אם אכן הוא יצא מקרבנו, מוטלת עלינו אחריות להקיא את האנשים הללו מתוכנו. זו בוודאי לא הדרך היהודית שהיינו רוצים לראות פה".
השב"כ קיים שיחות אזהרה עם פעילים בבת עין
רכזי שב"כ מהמחלקה היהודית קיימו שיחות אזהרה לשישה פעילי ימין בבת עין. במהלך הלילה, הגיעו כוחות משטרה, ביחד עם אנשי המחלקה היהודית, אל בתיהם של מספר פעילים בבת עין, והזהירו אותם: "אנו עוקבים אחריכם ויודעים מה אתם עושים". עם סיום השיחות עזבו כוחות המשטרה והשב"כ את ההתנחלות מבלי לבצע מעצרים.
גורמים בימין הביעו ביקורת על השיחות ואמרו כי "כשיהודים חוטפים בקבוקי תבערה על הכבישים זה עניין של יום ביומו. לא ראינו את מערכת הביטחון פועלת באותה צורה כאשר מנסים לרצוח יהודים באיו"ש, אולם כאשר קיים רק חשד שבוצעה פעולה כנגד ערבים, המערכת פועלת בנחישות וביעילות החל מראש הממשלה ועד לחייל האחרון".
(עדכון ראשון - 23:01)