אחד משלושת המחבלים מאום אל-פחם שביצעו את הפיגוע בהר הבית בחודש שעבר צעק במהלך הפיגוע "אנא מן ג'מעת ראאד סאלח" (אני מחבורת של ראאד סלאח), כך אמרו לוואלה! NEWS גורמים הבקיאים בחקירת הפיגוע. בחקירת הפיגוע עלה כי המחבל שהעמיד פני מנוטרל ואז ניסה לתקוף את השוטר שהתקרב אליו, צעק דברי תמיכה במנהיג הפלג הצפוני של התנועה האסלאמית תוך כדי שניסה להתרומם מהרצפה, לפני שנורה למוות על ידי השוטרים שהיו במקום.
המדינה הגישה היום (חמישי) כתב אישום נגד סלאח בגין עבירות של הסתה לטרור ואלימות, בעקבות התבטאויות שלו לפני ואחרי הפיגוע בהר הבית, בהם שיבח את פעילותם של המחבלים, וכינה אותם שאהידים. סלאח טוען כי מדובר ברדיפה פוליטית וכי הדרשות שלו הן חלק מאמונה דתית וחופש פולחן.
בכתב האישום נטען כי סלאח עודד בחשבון הפייסבוק שלו מעשי טרור, אלימות ותמיכה בהתאחדות בלתי מותרת של ארגוני המוראביטון והתנועה האסלאמית בשורת הזדמנויות, והביע את דבריו בפומבי מתוך ידיעה שיופצו ברבים.
מסרי ההסתה של הפלג הצפוני של התנועה האסלאמית ושל סלאח נחשבים לגורם מכריע בהקצנה במגזר הערבי בשנים האחרונות, ולהסתה והפצת המסר שמסגד אל-אקצא בסכנה ושישראל פוגעת בסטטוס קוו בהר הבית. אום אל-פחם, העיר ממנה יצאו שלושת המחבלים שביצעו את הפיגוע נחשבת למעוז וחממה של הפלג. סלאח מתגורר בעיר, והוא אף ביקר את משפחות המחבלים אחרי הפיגוע.
הפלג הצפוני של התנועה האסלאמית הוצא מחוץ לחוק בנובמבר 2015, וסלאח עצמו הורשע וריצה עונשי מאסר בשנים האחרונות בשל קשריו עם חמאס, תקיפת שוטרים והסתה לאלימות. רק בינואר האחרון השתחרר ממאסר אותו ריצה בגין הסתה לאלימות וגזענות בעקבות דרשה שנשא בירושלים.
על רקע האירועים האחרונים בהר הבית, עלתה דרישה בקבינט המדיני ביטחוני לנקוט בצעדים כלפיו, כששר הביטחון אביגדור ליברמן, שר התחבורה והמודיעין ישראל כץ ושר השיכון יואב גלנט מובילים את הקריאות לגרשו או לעצור אותו במעצר מנהלי. עם זאת, לדברי גורמים מדיניים, היועץ המשפטי לממשלה אביחי מנדלבליט אמר בדיוני הקבינט האחרונים כי יש קושי משפטי בהוכחת ההסתה לאלימות בהתבטאויותיו של סלאח ואין ראיות משפטיות להצדקת מעצר מינהלי.
בסרטון מזירת הפיגוע נראים שניים מהמחבלים, שלושתם נקראו מוחמד ג'בארין, מגיחים אל אחת המנהרות, ויורים בשוטרים כמיל שנאן והאיל סיתאוי מאחור. על גופותיהם של המחבלים נמצאו שני רובי קרל גוסטב ואקדח. במשטרה אמרו לאחר הפיגוע כי "המחבלים ניצלו את השימוש במתחם הקדוש ואת ההקלות שניתנות בו על מנת לאפשר את חופש הדת והפולחן בשטח הר הבית".
לאחר הפיגוע הוצבו בהר הבית מגנומטרים ואמצעי אבטחה נוספים בהוראת ראש הממשלה בנימין נתניהו, אך בתום שבועיים של סירוב הוואקף להתפלל במקום, עימותים אלימים ולחץ בינלאומי הם הוסרו.