שר הביטחון, אהוד ברק, הגיב הערב (ראשון) לטיוטת דו"ח מבקר המדינה על "פרשת הרפז" שהוגשה לו מוקדם יותר היום. מלשכתו נמסר כי "מבקר המדינה וצוות הביטחון השכילו להעמיק גם בנושאי התנהלות ותהליכים כאלה ואחרים, אך בעיקר ובמובחן במהות, המוכרת למי שעקב אחרי הפרסומים בתקשורת בשנה האחרונה: שרשרת מעשים והתרחשויות חמורים ביותר שתכליתם הנגלית - לשבש סדרי שלטון ומשפט". עוד נמסר כי "מהתמונה הידועה לציבור מזמן, עולה קיומה בעת האירועים של תת תרבות ארגונית מסוכנת שבה חבורה מצומצמת מאוד בצמרת צה"ל בסיוע מספר אזרחים (שפעלו בלא סמכות כלשהיא) פועלת כנגד הדרג המדיני הממונה עליו וכנגד פקודים שלו עצמו בדרכים חמורות ולא ראויות. וייתכן ועדיין בפנינו רק קצה הקרחון".