יותר משנתיים אחרי מותו של תלמיד הישיבה בן יוסף לבנת בקבר יוסף שבשכם, הותר הבוקר (רביעי) לפרסום כי שירות הביטחון הכללי וצה"ל עצרו בחודש שעבר שלושה פעילים של מנגנוני הביטחון הפלסטיניים, שהיו מעורבים בתקרית הירי בה נפצעו גם חמישה ישראלים שהגיעו למקום כדי להתפלל.
השלושה - נואף בני עודה ו-ואאל דאוד, שוטרים בני 24, ונהג הסיור תרכי זוארעה בן ה-23, נעצרו ב-22 במאי, והועברו לחקירה בשב"כ, לאחר ששוחררו מהכלא של הרשות הפלסטינית חודש מוקדם יותר וזאת בתום ריצוי מאסר של שנתיים לאחר שהודו והורשעו בכך שביצעו רק ירי באוויר במסגרת האירוע.
מעורב נוסף בפיגוע מסתתר בשטחי הרשות
שני פעילים נוספים, מפקד הסיור ואחד מהמשתתפים בו, אשר היו מעורבים בירי לעבר המתפללים הישראלים, טרם נעצרו. יצוין כי מפקד הסיור מרצה בימים אלה עונש שנגזר עליו בבית המשפט של הרשות הפלסטינית בגין חלקו באירוע, ואילו המשתתף הנוסף מבוקש לחקירה ומסתתר במבנה של המנגנון הביטחוני הפלסטיני.
בחקירתם הודו העצורים כי חלק מהירי שביצעו כוון למכוניות בהם נסעו הישראלים, וזאת על אף שלא נשקפה סכנה לחייהם. מהמידע שנאסף עלה כי ירי שביצע אחד מהם גרם למותו של בן יוסף לבנת. יצוין כי קודם לחקירתם ברשות הפלסטינית נמצא שהחשודים תיאמו את הגרסאות שהתכוונו למסור. לאחר ביצוע הירי, כך לפי השב"כ, חברי הסיור הפלסטיני פיזרו אבנים על הכביש, על מנת לייצר מצג שווא לפיו הישראלים יידו לעברם אבנים במהלך האירוע דבר שכביכול הוביל אותם לירי שנועד להגנה עצמית.
"בהמשך, וביוזמת הקצין האחראי על ביטחון כלא ג'ניד בו הוחזקו, בוצעה חבלה יזומה ברגליו של אחד הנחקרים על מנת ליצור 'ראיה' התומכת במצג שקרי זה", נמסר משירות הביטחון הכללי, שם הבהירו כי חקירת העצורים נמשכת. לאחר מיצוי חקירתם, יועברו תיקי החקירה בעניינם לפרקליטות איו"ש לשם הגשת כתבי אישום כנגדם.
השרה לימור לבנת מסרה בתגובה לממצאי חקירת השב"כ כי "בדיוק כפי שאנחנו במשפחה טענו כל הזמן ובניגוד לגורמים שונים שטענו שמדובר ב'תקרית ירי', מסתבר שמדובר בפיגוע טרור של שוטרים פלסטינים ביהודים רק משום שהם יהודים. חמור מכך כפי שנראה, שיתוף הפעולה של הרשות הפלסטינית עם השוטרים הרוצחים בנסיון לבדות ראיות וליצור מצג שווא. אני מברכת את השב"כ על המאמצים ועל החקירה היסודית. הצדק ייצא לאור רק לאחר שהם יכלאו לכל ימי חייהם וכך גם מפקד הסיור והמשתתף הנוסף שטרם נתפסו".
זמן קצר אחרי הרצח, אמר מושל שכם, ג'יבריל בכרי, כי היהודים שהגיעו לשכם נכנסו "ללא שום תיאום עם הצד הפלסטיני". הוא הוסיף, כי הוא "לא יודע מי עומד מאחורי הירי לעברם, אבל אני לא מאמין שהאירוע הוא פיגוע טרור". השרה לבנת אמרה בהלווייתו של בן יוסף: "אחייני האהוב, נרצח על ידי מחבל במסווה של שוטר פלסטיני על לא עוול בכפו, רק משום שערב החג הוא קם להתפלל. הוא היה אדם חף מכל עוון, שרק עשה טוב ורק ביקש להתפלל. אחייני נקרא על שמו של הרוג מלכות, שמסר את נפשו על ארץ ישראל וגם הוא נרצח בשם מסירותו לארץ ישראל".