צפו בהפגנת עובדי המכון הביולוגי מדצמבר 2012
מנהל המכון הביולוגי בנס ציונה, ד"ר אביגדור שפרמן, יפרוש בחודש יוני מתפקידו - כך אמר בשיחות סגורות מנכ"ל משרד הביטחון אודי שני. ההודעה נמסרה בפגישה לפני כשבוע של המנכ"ל שני עם נציגים של ועד העובדים במכון הביולוגי ונציגי ההסתדרות ובהם ראש האגף לאגוד מקצועי בה, אבי ניסנקרון. לדברי שני, שפרמן, שיוצא לגמלאות, לא ישמש גם בתפקיד רשמי כלשהו שקשור למכון או לחברת-הבת של המכון העוסקת בפיתוח ושיווק של יישומים אזרחיים. שני אמר עוד כי בקרוב תוקם ועדת איתור שתחפש מועמד שיחליף את שפרמן.
אחד המועמדים הבולטים ששמם נזכר בהקשר זה הוא פרופסור שמואל שפירא, רופא מרדים בכיר מבית החולים הדסה בירושלים, שהיה רופא צבאי בדרגת סגן אלוף בחיל הים ויועץ מדעי לגופים שונים בישראל וכן בארצות הברית למכון ראנד בקליפורניה ובמרכז למניעת מחלות מדבקות באטלנטה.
הפגישה שבה מסר שני את הודעתו עסקה בניסיונות של ועד העובדים וההסתדרות לסיים את סכסוך העבודה הנמשך זה חודשים רבים, שבמהלכו הפגינו העובדים ליד שערי המכון ומנעו כניסת עובדם חיצוניים. העובדים טוענים כי ההנהלה בראשות ד"ר שפרמן הפרה את זכויותיהם. אחד מעורכי הדין של הוועד, עופר ברטל, מסר כי למרות ההודעה המשמחת של מנכ"ל משרד הביטחון, סכסוך העבודה נמשך והעובדים ימשיכו במאבקם, עד שיושג הסכם שישביע את רצון העובדים.
ד"ר שפרמן, שתחום התמחותו הוא אנתרקס, מנהל את המכון הביולוגי בנס ציונה מזה 18 שנים ונחשב למנהל שנוי במחלוקת, שנקלע לא אחת לעימותים עם עובדים במכון. בתקופת כהונתו נחשפה פרשת הניסויים שנעשו בצה"ל בחיילים לצורך פיתוח חיסון נגד אנתרקס, בניגוד לכללים של הצהרת הלסינקי הקובעת את הכללים שעל פיהם מותר לבצע ניסויים רפואיים בבני אדם.
המכון הביולוגי בנס ציונה נחשב לאחד המוסדות הסודיים במדינת ישראל ולפי פרסומים זרים נעשים בו מחקרים לפתוח חומרים כימיים וביולוגיים המיועדים לכלי נשק בצד פתוח של נוגדנים ואמצעי ניטור של כלי נשק כימיים וביולוגיים, בצד מחקרים בעלי אופי אזרחי בתחום המחלות המדבקות, מגפות ועוד. מדוברות משרד הביטחון לא השיבו על פניית וואלה! חדשות בעניין זה, אך גורמים ממשלתיים מסרו כי "מנהל המכון הביולוגי יגיע השנה לגיל 67, וכנהוג במערכת הממשלתית, הוא צפוי לפרוש לפנסיה. מועד הפרישה טרם סוכם". הגורמים הוסיפו כי ד"ר שפרמן זוכה להערכה רבה על פועלו ותפקודו.
פנייה לד"ר שפרמן באמצעות נציג מוסמך של המכון לא נענתה. אבי ניסנקרון מסר באמצעות דוברו כי הוא אינו מעוניין להגיב.