בזמן שהפנטגון השלים אשתקד את הכנותיו לפתיחה במשפט נגד ארבעה עצורים במחנה המעצר גואנטנמו באשמת פשעי מלחמה, התלוננו שני תובעים בכירים בהודעות חשאיות, כי מערכת המשפטים סודרה באופן סודי כך שסיכויי ההרשעה יגברו ושהנאשמים לא יזכו לגישה לחומרים שעשויים לזכותם.
הודעות המייל, שהושגו על ידי העיתון "ניו יורק טיימס", חושפות מחלוקת מרה בתוך מערכת המשפט הצבאית של ארה"ב בנוגע להגינות המנגנון, בדיוק בתקופה בה היו ממשל בוש והפנטגון להוטים להציג את המשפטים הצבאיים, הראשונים שערכה ארה"ב מאז תום מלחמת העולם השנייה, כהוגנים וצודקים.
בו בזמן מתחו סניגורים צבאיים ביקורת פומבית על השיטה, אולם בכירים דחו את תלונותיהם ואמרו כי הן מיועדות רק לסייע ללקוחותיהם. אולם כעת מתברר שהתלונות הללו, כמו גם ביקורות מצד גופים חיצוניים כמו לשכת עורכי הדין האמריקאית, הושמעו במקביל גם מצד שני תובעים בכירים שדווקא היו צפויים להרוויח מהטיה שכזו. התובע הראשי דחה על כל התלונות על הסף, ומבקר צבאי אישר את פסיקתו.
בין הטענות החריפות ביותר בהודעות המייל של שני התובעים היתה אמירה של אחד מהם לפיה התובע הראשי אמר לכפופים לו כי חברי בית הדין הצבאי שישפוט את ארבעת הנאשמים הראשונים ייבחר בקפידה כדי לוודא שכל הארבעה יורשעו.
אותו קצין, סרן ג'ון קאר מחיל האוויר, אמר גם באותה הודעה שנאמר לו כי כל ראיות מזכות מידע שיוכל להועיל לנאשמים בהתגוננות מן האישומים העומדים נגדם יהיה קיים ככל הנראה רק באותם 10% מן המסמכים עליהם הטילה סוכנות הביון המרכזית של ארה"ב (CIA) חסיון מטעמי ביטחון.
בהודעותו של קאר נאמר גם שראיות לכך שלחות אחד מארבעת הנאשמים עבר התעללות אבדו, וכי ראיות אחרות באותו נושא הוסתרו מן הנאשמים. ההודעה, שנשלחה ב-15 במרץ 2004, נמענה לקולונל פרדריק ל. בורץ', התובע הראשי שהיה מושא לחלק גדול מביקורתו של קאר.
חוקים חדשים ונוחים מאד לתביעה
הקצין השני, רב סרן רוברט פרסטון, גם הוא מחיל האוויר, אמר בהודעה שנשלחה ב-11 במרץ 2004 לקצין בכיר אחר במשרד התובע, כי לא יוכל במצפון נקי לכתוב בקשה בה יצוין כי ההליכים יהיו "מלאים והוגנים", בשעה שהוא יודע שהם לא יהיו כאלה. פרסטון כתב כי המשך המשפטים במתכונתם הנוכחית יהווה פגיעה חמורה במוניטין של מערכת המשפט הצבאית של ארה"ב ואפילו הונאה כנגד הציבור האמריקאי.
משרד ההגנה כתב בתגובה שתלונות השניים עוררו חקירה רשמית, אולם זו לא העלתה כל ראיות שיתמכו בטענותיהם. קולונל בורץ', שפרש מאז מהצבא, כתב שהוא מעריך ומכבד את השניים, אולם בד בבד כינה את טענותיהם "שקרים מפלצתיים", וזאת מבלי להתייחס באופן מפורט לטענות.
משפטיהם של ארבעת הנאשמים החלו באוגוסט שעבר, אולם הופסקו לאחר ששופט פדרלי קבע כי ההליכים מנוגדים לחוקה האמריקאית ולאמנת ז'נבה. אולם הרכב בית דין לערעורים, בו ישב גם המועמד לבית המשפט העליון ג'ון רוברטס, הפך את הקביעה הזו והמשפטים, ביניהם של אדם הנאשם כי היה נהגו של אוסאמה בן לאדן באפגניסטן, צפויים להתחדש בקרוב.
המשפטים בגואנטנמו נערכים על פי חוק חדש, נפרד מהדין הצבאי או האזרחי, שמקל על התביעה הרבה יותר מהחוק האזרחי או הצבאי של ארה"ב. הכללים החדשים מאפשרים, בין השאר, עדות (למען התביעה בלבד) בעילום שם, הכנסת מידע לתיק הראיות לפי שיקול דעתו של הקצין המכהן ואי בהירות באשר לקבילותו של מידע שהושג בעינוי או בכפייה.