פרשה חדשה מעיבה על מועמדותו של ג'ון בולטון לתפקיד שגריר ארה"ב באו"ם. מתברר שמועמדו השנוי במחלוקת של הנשיא בוש לתפקיד הרגיש טס ב-2002 לאירופה כדי להתעמת עם האדם שעמד אז בראש סוכנות עולמית לבקרת נשק ודרש שזה יתפטר, ואז תיאם את פיטוריו של הדיפלומט לאחר שזה סירב להיכנע. בזמן שעבר מאז קבע בית דין של האו"ם כי המהלך שיזם בולטון היה לא חוקי מעיקרו.
אדם שכיהן בעבר כסגנו של בולטון אמר, כי הממונה עליו חש שחוזה בוסטאני "חייב ללכת", במיוחד משום שהדיפלומט הברזילאי ניסה לשגר פקחי נשק כימי לעיראק. בולטון חשש שצעד זה יעקר מתוכנה את העילה האמריקאית למלחמה בעיראק.
בוסטאני,שטוען כי קיבל שיחת טלפון "מאיימת" בשלב מסוים, הודח מתפקידו בהצבעה בה השתתפו רק שליש מהמדינות החברות בישיבה מיוחדת וחריגה של "הארגון לאיסור על נשק כימי" (OPCW). בישיבה הצדיקה ארה"ב את דרישתה לפטר את בוסטאני בטענות לאי-סדרים בארגון.
בית הדין המינהלתי הגבוה של האו"ם קבע מאוחר יותר כי צעד זה היווה "הפרה בלתי נסבלת" של העקרונות המגינים על עובדי ציבור בינלאומיים. האדם העומד כיום בראש OPCW מכנה את פיטורי קודמו "תקדים מצער" ואת בוסטאני עצמו "אדם רב יכולת". קולין פאוול, אז שר החוץ של ארה"ב, שיבח את "כישורי המנהיגות" של בוסטאני כשזה נבחר פה-אחד לכהונה נוספת כראש OPCW ב-2001.
האשמות ארה"ב נמצאו "מעורפלות במידה קיצונית"
בולטון עצמו, השומר על פרופיל נמוך בתקווה שמועמדותו תגיע סופסוף להצבעה בסנאט, סירב להגיב לידיעה, אולם שניים מעובדיו לשעבר נענו לבקשה. ראלף ארל, דיפלומט שעסק בבקרת נשק במהלך קריירה ממושכת, סיפר לסוכנות הידיעות AP כי בולטון ואנשיו סברו כי לבוסטאני "היה אגו גדול. הוא עשה דברים על דעת עצמו" ולא היה קשוב לעמדות ארה"ב ובעלות בריתה.
ארל ודיפלומט אחר, אביס בוהלן, טוענים כי היוזמה הראשונית להדיח את בוסטאני לא החלה אצל בולטון, אולם הוא "זינק עליה בהתלהבות". לדברי בוהלן, "הוא ניהל את כל הקמפיין". ארל אישר כי יוזמתו של בוסטאני לשלוח פקחים לעיראק היתה האירוע שגרם לבולטון לרצות להדיחו.
במרץ 2002 התלונן בולטון כי בוסטאני מבקש לעצמו "תפקיד לא הולם", בכך שניסה לשכנע את עיראק ומדינות ערביות אחרות להצטרף לאמנה לאיסור אל נשק כימי. ארל ובוהלן חולקים על קביעה זו, וטוענים שמאמץ לצרף מדינות חדשות לאמנה הוא דווקא מתפקידיו העיקריים של ראש הסוכנות לאיסור על נשק כימי. עם זאת, הם טוענים שהיה על בוסטאני להשתדל יותר לתאם את מהלכיו עם ארה"ב.
בוסטאני ואנשיו סבורים שהחיכוך בינו לארה"ב החל עוד קודם, ושורשיו נעוצים בדו"חות הארגון על אתרי תעשייה כימיים בארה"ב עצמה. בוסטאני סיפר בעבר כי בולטון ניסה ללחוץ עליו לשנות את דיווחיו ולמנות אמריקאים מסוימים לתפקידים בארגון. בוסטאני סירב להתקפל ובולטון יזם את הניסיון להדיחו. לאחר שהאמריקאים לא הצליחו לגייס רוב מבין 41 חברות הוועדה המבצעת של הארגון (שמנה אז 145 חברים ), הם כינסו ישיבה מיוחדת של הארגון, בו איימו להפסיק לשלם דמי חבר לארגון אם לא יודח בוסטאני. בסופו של אושרה הדחתו של היו"ר ברוב של 48 קולות פחות משליש החברות.
בוסטאני עירער בפני בית הדין המנהלתי של הארגון הבינלאומי לעבודה בז'נבה. ביולי 2003 פסק בית הדין לזכותו של בוסטאני. בנזיפה חמורה קבע בית הדין כי האשמות ארה"ב נגד בוסטאני היו "מעורפלות במידה קיצונית" וכי פיטוריו היו "בלתי חוקיים" בוסטאני, שלא ביקש להשיבו לתפקיד במקום המחליף שנבחר, זכה ב-50 אלף יורו כפיצויי פיטורין. בוסטאני, המכהן כיום כשגריר ברזיל בלונדון, סירב להגיב לכתבה.