מבצע שומר חומות החל ב-10 במאי 2021, יום שני, בתקיפה משמעותית של חיל האוויר שכללה 130 יעדי טרור. בחמאס הבינו כי פניו של צה"ל למבצע נרחב ולא לתגובה נקודתית. למחרת הורה ארגון הטרור ל-18 מחייליו להיכנס למנהרה ולחטוף חיילים. בשעה 00:43 תקף חיל האוויר את המנהרה וקבר תחתיה את לוחמי יחידת העילית נוח'בה של חמאס. אחר כך עוד הותקפו ונהרסו שתי מנהרות התקפיות של חמאס ובהן מחבלים, האחת מול מעבר ארז והשנייה באזור חאן יונס רגע לפני שיצאו מהם מחבלים.
בפיקוד הדרום היה ברור שמי ששחרר את הרסן ללוחמיו לחטוף את חיילי צה"ל מתכוון לדרדר עוד יותר את המציאות הביטחונית וללכת לפעולה אסטרטגית. הרמטכ"ל אביב כוכבי אישר ביום רביעי, היום השני למבצע, להוציא לפועל את תוכנית "עיר מקלט", פגיעה ב-40 יעדים שנחפרו עמוק מתחת לאדמה, מרביתם בבעלות מפקדי פלוגות. אחד היה בולט יותר מכולם - הבונקר של מפקד חטיבת עזה משנת 2017, באסם עיסא, שהיה מעורב לאורך השנים בפיגועים רבים ושימש כפעיל בכיר במערך ייצור אמצעי לחימה של חמאס וניהל את הפעלת הכוח בסבבי הלחימה מול ישראל.
באותו ערב אישר הרמטכ"ל את תוכנית התקיפה "עיר גוליית", שנחשפת כעת לראשונה בוואלה!. צה"ל ושב"כ הצליחו לאסוף ולרכז מודיעין רגיש ביותר ומדויק על בונקר תחת קרקעי שנחפר כ-25 מטרים מתחת לפני האדמה בלב העיר עזה. בבונקר הסתתרו בתוך מערכת מסועפת של מנהרות צמרת אנשי המחקר, הפיתוח וייצור אמצעי לחימה של חמאס. האתגר לתקוף את הבונקר היה עצום, מאחר והוא נבנה (לא במקרה) מתחת לבניינים ובהם אזרחים.
גורמי מחקר שניתחו את התשתיות ההנדסיות שסייעו לבנות את הבונקר העצום גילו כי יש ל"עיר" גם מנהרות שמובילות אל לב הבונקר ממבנים סמוכים. לאחר אינספור תהליכי תכנון, אימונים, תרגולים ופיתוח טכניקות, נערך חיל האוויר בפיקודו הישיר של עמיקם נורקין לתקוף את הבונקר. סמוך לשעה 05:20 בבוקר של יום חמישי תקף חיל האוויר תוך ארבע דקות יותר מ-10 פירים שהובילו לבונקר. "אמרנו לעצמנו שעדיף לא לתקוף את לב הבונקר, בשל החשש מפגיעה באזרחים, ולכן תקפנו את הפתחים וכך הם נקברו", סיפר גורם שנחשף לתוכנית המבצעית לפני הביצוע. "התוצאות היו מרשימות ומדויקות. אם היו מפספסים פיר אחד הם היו מצליחים לברוח מהבונקר".
על פי הערכות בצה"ל, מלבד בכירי חמאס שחוסלו, במבצע נפגע 50% מכושר ייצור הרקטות של ו-75% מכושר הייצור של הג'יהאד האסלאמי. מעבר לכך, בדיונים הפנימיים במערכת הביטחון עלתה התובנה כי לאחר מבצע "עיר גוליית" יהיה קשה לחמאס לבנות את כוחו הצבאי מחדש. אחרי כן עלתה השאלה סביב תקיפת "המטרו", מערכת מסועפת של מנהרות שבנה חמאס ביותר מ-15 שנה מתחת לעיר עזה ובאמצעותה חמק מכלי טיס לא מאוישים.
הרמטכ"ל כוכבי החליט לממש את תוכנית התקיפה עם תרגיל הונאה כדי ללכוד בתוך החדרים במנהרות רשימת מחבלים מכובדת. לבסוף, מרבית תשתית "המטרו" הושמדה ונהרגו בהן כ-70 מחבלים, בניגוד לתוכנית המקורית שכללה מאות. לדברי גורמי ביטחון שהיו בקיאים בתהליך, משהו קרה באותם ימים - חמאס הבין שהמנהרות כבר לא מקום בטוח.
ראש חטיבת המחקר באגף המודיעין עמית סער, שמכיר היטב את חמאס ואנשיו והיה מאלו ששקדו על התוכנית לתקיפת "המטרו", הבהיר כי התמונה המודיעינית ערב התקיפה הייתה די ברורה. "אני חושב שידענו ולא הפתיע אותנו העובדה שלא היו הרבה אנשים בזמן התקיפה. בין אם זה 30, 40, 60 או 70 מחבלים", אמר. "אבל אני אגיד משהו אחר - תוכניות זה דבר אחד, פקודות זה דבר אחר.
במעבר בין תוכנית לפקודה נכנס משהו מאוד עוצמתי שנקרא הקשר, ואתה פועל מול הקשר. אנחנו צריכים שיהיה לנו כמה שיותר תוכניות מבצעיות שהן דינמיות ואז בהקשר נדע להביא אותן".
סער לא רצה להרחיב את העיסוק ב"מטרו" אך הוסיף בדבריו עוד זווית: "אתה שואל אותי אם הישגנו הישג משמעותי בתקיפת 'המטרו'? התשובה שלי היא כן עם עשרה סימני קריאה. הדבר המרכזי שלקחנו מחמאס זה את ההבנה שהוא יכול לתפקד במימד הזה כמו שהוא רצה. בחמאס חשבו שהם פיצחו משהו גדול, שהם מצאו מענה לעליונות שלנו באוויר, במודיעין ובתמרון. כל התפיסה של צה"ל שנבנתה על אש מדויקת, מודיעין וחיכוך פתאום התערערה למשך כמה שנים".
"הם השקיעו בזה הכול, וצה"ל הרס את זה ב'שומר החומות'. האם זה אומר שלא יהיו מנהרות בעזה?", המשיך סער. "יהיו מנהרות בעזה. אין להם ברירה - אין להם חיל אוויר, אין להם חיל ים, הם לא יכולים להתמודד איתנו, אבל המנהרות באירוע אחר לגמרי. עכשיו הם כבר מבינים שהם יכולים למות במנהרות, עכשיו הם מבינים שהם לא יכולים להעביר הכול למנהרות. עכשיו הם מבינים שיש לנו יתרון עצום עליהם והם צריכים רעיון מערכתי אחר".
ראש חטיבת המחקר התייחס גם לטענה כי תרגיל ההונאה "נשרף" על 70 מחבלים "בלבד". לדבריו, "אין עוד הרבה צבאות בעולם שמסוגלים בכלל להביא את המודיעין הזה, את היכולת האווירית ואת החיבור ביניהם לתקיפה כזו. זה הישג חשוב מאוד. בסוף מלחמות ומבצעים מתנהלים בהקשר - פעלנו מול מציאות שכבר הישגנו הישג דרמטי, שלא מספיק חוגגים אותו. הפגיעה במוקדי הייצור שלהם, הפגיעה במפקדים בתוך מפקדות החירום. תעשה את ההקבלה - יושב ראש אמ"ץ במשרדו בבור, ופצצה נכנסת לעומק של עשרות מטרים, ופוגעת בו במדויק".
"הישגנו הישג גדול, מהותי לשנים. ויש אינספור לקחים שאני באופן אישי רשמתי לעצמי, ושצה"ל רשם לעצמו", הוסיף. "אין מישהו יותר ביקורתי עלינו מעצמנו, אנחנו קורעים את עצמנו. עוד פעם ועוד פעם. עשינו הישג גדול ועשינו אינספור טעויות. אבל נתקן את הטעויות, כדי להגיע להשיג עוד יותר גדול. הרגנו את המהנדסים והמפתחים, הרגנו את המחליפים שלהם והרגנו את המחליפים של המחליפים".
עוד אמר ראש חטיבת המחקר כי "בחמאס מבינים שלישראל יש עוצמה בלתי רגילה, והם מאוד לא היו רוצים להגיע למצב של הסלמה ועימות". מנגד, הוא הדגיש כי צריך להיזהר מניצול הזדמנויות של ארגון הטרור לחטוף חיילים. "הצלחנו להסביר יפה מאוד לחמאס מה המשמעויות של חטיפת חייל", אמר סער. "האיום של החטיפה הוא איום חי, חמאס מאמין בכלי הזה. חמאס לא לבד בזירה, הג'יהאד מאמין בזה, לכן הרתעה היא מאוד חשובה - אתה חייב להבהיר מה המחיר העצום על חציית קווים כאלה".