ב-1 בפברואר 1979, האייתוללה רוחאללה חומייני חזר מגלות ארוכה למולדתו שחוותה מהפכה. את אופייה, שלא היה ברור מלכתחילה, הוא עיצב בזמן שחי בבית קטן בעיירה מחוץ לפריז. הוא נמלט ממשטרו של השאה באמצע שנות ה-60 מחשש לרדיפה של אחרי אנשי הדת. הוא שהה זמן קצר בטורקיה ועבר משם לעיראק, אך גורש מהעיר הקדושה נג'ף על ידי סדאם חוסיין ב-1978 בלחץ השאה.
משם, הוא התיישב בנופל-לה-שאטו, ממערב לפריז והצית את אי-השקט שהאכיל את המהפכה האסלאמית ואת הרפובליקה שקמה בעקבותיה ושורדת עד היום.
ב-16 בינואר באותה שנה, נמלט השאה מוחמד רזא פהלווי בלחץ הפגנות הענק נגד המלוכה ששלטה במדינה במשך יותר מ-2,000 שנה. שבועיים לאחר מכן, בטיסת צ'רטר של אייר פראנס, חזר חומייני לאיראן והתקבל בטהראן על ידי מיליונים של תומכים.
במהרה, המהפכה לבשה אופי ברור ואנשי הדת סילקו את יתר הפלגים שעזרו להפיל את השאה, ודיכאו אותם בכוח רב. חומייני יצר לעצמו משרה רבת-עוצמה, המנהיג העליון של הרפובליקה האסלאמית הנשלטת לפי עקרונות ההלכה השיעית התרי-עשרית, ושלט ביד רמה במדינה עד למותו ב-1989, בגיל 86.
תחת הנהגתו בת העשור, הפכו איראן וארצות הברית מבעלות ברית קרובות לאויבות מרות, ומשבר בני הערובה האמריקנים אפיין את תחילת היחסים בין וושינגטון למשטר החדש בטהראן. במקביל, ניהלה הרפובליקה האסלאמית השיעית החדשה מלחמה עקובה מדם עם השכנה עיראק שנשלטה על ידי משטר הבעת' הסוני-החילוני. אף אחת מהמדינות לא יצאה מנצחת בתום אחת המלחמות האכזריות שידעה המאה ה-20 הנוראה, אבל משטר חכמי ההלכה שרד, בניגוד להערכות רבות, גם אחרי מותו של חומייני ולחץ הסנקציות והבידוד הבינלאומי.
הייחוד במהפכה האסלאמית שהוביל חומייני היה בכך שבניגוד ליתר התהפוכות שחווה העולם במאה זו, היא הייתה דתית ועל-לאומית. במובן זה היא אולי דמתה למהפכות הקומוניסטיות, לפחות על פי האידאולוגיה הרשמית שלהן, אבל בשונה לחלוטין היא שמה את הדת במרכז השלטון החדש, שלמעשה היה רגרסיה לכל תהליך החילון שעברה פרס/איראן תחת שושלת פהלווי.
מעמד המנהיג העליון, המעוגן בחוקת הרפובליקה האסלאמית, שעבד לעד את המערכת הפוליטית לאנשי הדת. בשונה ממרבית שכנותיה הערביות איראן אמנם מקיימת מערכות בחירות סוערות, אבל המועמדים עוברים סינון של המשטר וגם חברי המחנה הרפורמיסטי אינם יכולים לממש את הבטחותיהם לבוחר.
איראן, עם זאת, לא הצליחה לייצא את המהפכה כפי שקיוותה, אם כי בשנים האחרונות, תוך ניצול הטלטלות במזרח התיכון, היא הצליחה להרחיב את השפעתה בעיראק, בסוריה, בלבנון ובתימן. היא התמודדה עם גלי מחאות שונים, כולל אחד בתחילת השנה שעברה, אך מעמדו של המנהיג העליון עלי חמינאי, שירש את חומייני, נותר איתן, אך גילו המתקדם והבריאות הרופפת שלו מעלים תהיות רבות לגבי היום שאחרי.
