בינואר 1964, הפעם הראשונה שבה דרכה כף רגלו של אפיפיור על אדמת ישראל, בחר הרב הספרדי הראשי יצחק נסים להיעדר מקבלת הפנים לפאולוס השישי בביקורו ועורר בארץ פולמוס בדבר מעמדה של הרבנות הראשית לישראל ועל שפלות הרוח שהפגינה המדינה באותם ימים. הרב התעקש ואמר כי לא יגיע אם האפיפיור לא יבוא לבקר אותו גם, כדי שהיהדות לא תהיה נחותה מול הנצרות.
הביקורת נגד הרב ניסים הובילה ללא מעט טונים צורמים והיו שטענו כי הוא יגרום לפוגרומים. המבקרים את התנגדותו של הרב המנוח חזרו בהם ואמרו זמן קצר לאחר הביקור כי העובדה שהרב הראשי לא קיבל את פניו היה בו משום מעשה היסטורי ומתן תוקף לעצמאות ישראל. אלפי מכתבים ומברקים הגיעו ללשכתו של הרב נסים מרחבי העולם היהודי שתמציתן: "זקפת את קומתנו".
אחר הצהריים (ראשון) ינחת האפיפיור פרנציסקוס בנמל התעופה בן גוריון, שם יקבלו את פניו הנשיא שמעון פרס ובכירי המדינה. משם ימריא במסוקו לירושלים. מחר ייפגש האפיפיור עם הרבנים הראשיים, דוד לאו ויצחק יוסף. שעות ספורות לפני בואו לישראל, נחת הבוקר האפיפיור בבית לחם. מנהיג העולם הקתולי המריא במסוק מירדן, שם החל את ביקורו באזור, שיימשך עד יום שלישי.
לאור ההתחממות היחסים שחלה לאורך השנים בין הוותיקן לבין העם היהודי ומדינת ישראל, לא צפויה הפעם החרמה של הביקור מצד הרבנים הראשיים. הרב הראשי דוד לאו, רואה בפגישה הקרובה הזדמנות "לקרב בין העמים, למנוע חילולי קברים בעולם ולהפחית את האנטישמיות נגד יהודים". בעת הביקור הוא יביא עמו כמה מראשי הארגונים החרדים, בהם יו"ר זק"א, יהודה משי זהב, מנכ"ל איחוד הצלה, אלי ביר ועוד בכדי "להראות את יופיו של העם היהודי שנותן סיוע לכל אדם שצריך בכך", כדברי מקורביו.
הרב הספרדי הראשי, יצחק יוסף יענוד את שרשרת "לוחות הברית" שנהג אביו הרב עובדיה יוסף לענוד בעת ביקורים עם מנהיגים נוצריים זאת כדי לבטא את ההבדל בין האמונה היהודית לנוצרית. בעיניו הביקור הזה הוא יותר טקסי ואינו בעל משמעות רבה.
מנגד, יש מי שסובר שביקור האפיפיור בישראל הוא "בושה", קיים איסור להסתכל בפניו או בבגדיו ואסור לכנותו בדרך של כבוד. "האפיפיור צריך להתבייש להגיע לאומה הישראלית כל עוד לא עשה תשובה ברבים", אומר הרב ברוך אפרתי, יו"ר ארגון "דרך אמונה" שמגייס לחיזוק דבריו מקורות בגמרא ובהלכה, "אם הוותיקן רוצה, שישובו בתשובה אמיתית ויבטלו את דתם לחלוטין, יכריזו על טעותם באמונת אותו האיש שעשו אותו עבודה זרה, ויבקשו סליחה על רצח ואונס של 2014 שנים".
דעתו של הרב אפרתי אינה מעוררת פליאה. המנהיג החרדי המנוח הרב יוסף שלום אלישיב אסר להיפגש עם האפיפיור. בשנת 2007 הצטרף העיתונאי החרדי שלמה קוק לנסיעה של ראש הממשלה לשעבר, אהוד אולמרט לאיטליה, שכללה בין היתר ביקור אצל האפיפיור בוותיקן. ערב הנסיעה, שאל קוק את הרב אלישיב אם יוכל להצטרף לפגישה עם ראש הכנסייה הקתולית. הרב השיב: ?איך אפשר לחשוב על רעיון כזה? הוא הרי סמל הטומאה בעולם?.
לעומת זאת, אומר קוק, כי כשהאפיפיור ביקש לפגוש את הרבנים הראשיים לישראל, פסק הרב אלישיב שיקבלו אותו, מחשש לאנטישמיות. "אם הוא ייפגע?, הסביר, ?עלולים חלילה להיפגע יהודים המתגוררים בין רבבות הנוצרים הכפופים לו?.
גם בשלטים המקבלים את פניו של האפיפיור בירושלים, יש כנראה מי שגילה רגישות רבה. בעוד בשלטים המודפסים באנגלית נכתב המילה "קדושתו" לפני שמו של האפיפיור. בשלטים המודפסים בשפה העברית, הושמטה המילה הזו.
הרב סיוון מס, יו"ר "יהודית חילונית" ודיקן "תמורה ישראלית" אמרה כי "אין זה סוד שבתרבות היהודית המגוונת, אנו יודעים לכבד מלכים, רוזנים וסלבס למיניהם כבר אלפי שנים גם כאשר תואר הכבוד מגיע בשפה העברית כמו בביקור נשיאי מדינות שונים.
קדושת האפיפיור פחות מובנת לכל הציבור וטוב היה אם לפחות היו מסתפקים במילה "כבודו" בשילוט בעברית. מעבר לכך רצוי כי השילוט באופן כללי בעברית ובאנגלית יהיה זהה ולא מזיק היה גם לו היו מוסיפים שילוט בעברית שכזכור גם היא שפה רשמית בישראל".