היועץ המשפטי לממשלה, יהודה וינשטיין, אמנם סגר את תיק החקירה הראשי נגד שר החוץ אביגדור ליברמן, אך החליט להעמידו לדין בגין עבירות של מרמה והפרת אמונים בפרשת השגריר בבלארוס. היועץ וינשטיין לא קבע בשלב זה אם על ליברמן להתפטר, וכפי הנראה, הוא לא יכריע בנושא עד הגשת כתב האישום. כעת, לאחר שעותק מכתב האישום הועבר לכנסת, ליברמן יכול, תוך 30 יום, לבקש מהכנסת לקבוע כי חלה עליו חסינות וכי אין מקום להעמידו לדין. לאחר מכן, אם לא ייקבע שחלה עליו חסינות, יהיה ניתן להגיש נגדו כתב אישום.
על פי כתב האישום, ליברמן והשגריר דאז זאב בן אריה, הכירו זה את זה לפני כמה שנים. בפברואר 2008 קיבל בן אריה במסגרת תפקידו כשגריר בקשה לחיקור דין שנשלחה מישראל לרשויות המשפט בבלארוס ב"פרשת החברות". באוקטובר 2008 בא ליברמן לביקור בבלארוס, ובן אריה ביקש להיפגש עמו ביחידות. שם, חשף בפניו השגריר פרטים על הבקשה הסודית. הבקשה כללה גם פרטים אודות חברה מסוימת ופרטי בנק שהפרקליטות ביקשה לקבל.
בתום חקירה של שנים || נסגר תיק החקירה המרכזי נגד שר החוץ אביגדור ליברמן
לקריאת תקציר החלטת היועץ המשפטי לממשלה בפרשת אביגדור ליברמן
כמה חודשים לאחר מכן, מונה ליברמן לשר החוץ, וכעבור תקופה נוספת פנה ליברמן לבן אריה והציע לו לכהן כיועץ במטה המדיני שלו. בן אריה נענה וקודם בתפקידו. כחצי שנה לאחר, מכן שקל בן אריה להגיש מועמדות לתפקיד שגריר ישראל בלטביה. ליברמן, על פי כתב האישום, פעל לאישור המינוי, מבלי שהביא לידיעת ועדת המינויים את תקרית המסמך. גם בפני הממשלה, שאישרה את המינוי, לא הציג שר החוץ את המידע. המינוי של בן אריה סוכל בסופו של דבר לאחר שנחשף הקשר בין שר החוץ לשגריר.
"הנאשם יזם ופעל למימוש מינוי של בן אריה ליועץ במטה שר החוץ, כשהוא מודע למעשיו הפסולים של בן אריה, שבוצעו בפניו, בעניינו שלו - ועבורו", נכתב בכתב האישום. "כל זאת עשה הנאשם בהיותו נתון בניגוד עניינים חמור בין חובותיו לציבור כשר החוץ המופקד על שירות החוץ של המדינה, לבין תחושת מחויבותו האישית לבן אריה, אשר פעל עבורו בפרשת המידע הסודי".
אחרי שעותק מכתב האישום הועבר היום לכנסת, יוכל ליברמן לבקש שוועדת הכנסת תקבע, תוך 30 יום, שחלה עליו חסינות שתמנע את האשמתו בשלב זה. יש מספר סיבות לאשר בקשה כזאת, בהן הקביעה כי המעשים האמורים בוצעו במסגרת תפקידו של ליברמן, והטענה כי כתב האישום פוגע בצדק או שתהיה פגיעה בעבודת הכנסת.
פרקליטיו של ליברמן, עורכי הדין ירון קוסטליץ ועודד גזית ממשרדו של יעקב וינרוט ועורכי הדין גיורא אדרת ונתי שמחוני ממשרד אדרת-שמחוני מסרו כי הם מכבדים את החלטת היועץ המשפטי לממשלה וכי הם שוקדים על לימודה. "בעניין פרשת הדיווח על מעשי השגריר, נציין כבר עתה כי בית המשפט העליון כבר קבע בעבר בנסיבות דומות של אי דיווח על ידי שר המשפטים דאז, כי 'באי-הבאה של מלוא המידע הרלוונטי על ידי נושא משרה - ולו מישרה רמה - עובר לקבלת החלטה, לא טמונה חומרה כה קיצונית המחייבת שבית משפט יורה להעבירו מתפקידו'". לטענת הפרקליטים, "הדברים הללו מדברים בעד עצמם".
השגריר בן אריה נידון לאחרונה לארבעה חודשי עבודות שירות. הוא הורשע במסירת ידיעה לאדם שאינו מוסמך, בשיבוש הליכי משפט ובהפרת חוב. בן אריה הודה, במסגרת הסדר טיעון, כי יידע את ליברמן בבקשה לסיוע משפטי שהעבירה משטרת ישראל לרשויות אכיפת החוק בבלארוס. על פי כתב האישום בו הורשע בן אריה, שגריר ישראל בבלארוס, שכיהן בתפקידו בשנים 2009-2004 היה אחראי מתוקף תפקידו על הטיפול בהעברתן של בקשות ישראל לעזרה משפטית. בפברואר 2008 הועברה הבקשה הנוגעת לליברמן, שכיהן באותה תקופה כחבר כנסת.