שימוש בנשק על ידי מתנחלים, סירובי פקודה של חיילים, פעולות "תג מחיר" ופגיעה בכוחות הביטחון - אלה הם רק חלק מהתרחישים האפשריים מהם חוששים בפיקוד מרכז במסגרת מימוש צווי הקפאה. ממסמכי הפקודה של מימוש צווי ההקפאה של פיקוד מרכז שהגיעו לידי וואלה! חדשות, עולה כי לצורך מימוש הצווים והריסת המבנים תקצה מערכת הביטחון כוחות גדולים במיוחד, בהם כל שוטרי מג"ב ירושלים, מג"ב עוטף ירושלים ויחידות שב"כ, וכן תיעזר בחיל האוויר שיבצע גיחות צילום באזורים בהם ייהרסו מבנים.
על פי המסמך, שאושר על ידי המטה הכללי, בימים הקרובים צפוי להתחיל המנהל האזרחי במשימת הריסת מבנים ביהודה ושומרון. על פי צווי ההקפאה נראה כי צה"ל ומג"ב נערכים למלחמה של ממש. על פי התכנון של פיקוד מרכז, מי שיהיה במעגל הראשון של הריסות הבתים יהיו שוטרי מג"ב ורק במעגלים החיצוניים יהיו חיילי צה"ל, שאמורים למנוע זרימה של אנשים אל הישובים בהם יבוצעו הריסות המבנים.
וכך יראה שלב ההריסה לפי פיקוד מרכז: לאחר שבמנהל האזרחי ימפו את המבנים הלא חוקיים וייצרו "בנק", כך על פי המסמך, של יעדי פינוי, תבודד הגזרה על ידי מספר מעגלים ובעזרת צווי שטח צבאי סגור. במסמך מודגש כי "כעקרון, לא נרצה לראות את כוחות צה"ל משתתפים, אלא אם כן יהיה בכך צורך". בהמשך יפנו נציגי המנהל האזרחי לראשי המועצות בניסיון להגיע לפינוי בהידברות. לאחר מכן תבודד הגזרה בה יתבצעו הריסות המבנים בעזרת כוחות גדולים, "מתוך הבנה שהעוצמה משתקת". הכוחות נדרשים ל"הפתעה" בקביעת תזמון ההריסה, על מנת למנוע הפרות סדר של מתנחלים. מתנחלים שייעצרו בכל זאת יעברו "טיפול משפטי מהיר ככל האפשר". מי שידאגו לאסוף את החומר המודיעיני כנגד מפירי הסדר צפויים להיות אנשי השב"כ וקציני המודיעין של המשטרה.
עוד נכתב במסמך כי "הנחת היסוד היא שלא יהיה פינוי מבנה בלתי חוקי מרצון ולפיכך המהלך יחייב הפעלת כוח. המתיישבים רואים בפינויים אלה את תחילת ההתנתקות, ועל כן ישקיעו מאמצים למנוע את ההריסה בכל דרך". בפיקוד מרכז אף מתייחסים לאפשרות כי המתנחלים יפעילו נשק חם במהלך הפינוי: "אין מידע קונקרטי לשימוש בנשק", נכתב שם, "אך יש להביא בחשבון כל תרחיש". המפקדים אליהם הופץ המסמך מתבקשים לעשות אבחנה בין ישובים 'מתונים' ל'קיצוניים' בגזרתם. ההתנחלויות המוזכרות במסמך כקיצוניות הן יצהר והתנחלויות גב ההר. כמו כן מוזכרים במסמך תרחישים אפשריים של פעולות נקם בפלסטיניים לאחר ההריסות, וכן ניסיונות לחסימת צירים והפרות סדר. על פי התכנון, בעת הריסת המבנים תערוך מערכת הביטחון מיסוך על שיחות לטלפונים ניידים, על מנת שהמתנחלים לא יזעיקו את 'אנשי הגבעות', כפי שהם מכונים על ידי הצבא. כמו כן לא יאופשר סיקור תקשורתי של ההריסות, ועל מנת למנוע מצוותי תקשורת מלסקר את הפעילות ימונה במג"ב צוות מיוחד שימנע מעיתונאים להגיע לאזור.
במקביל צפויים בצה"ל להזרים ליהודה ושומרון כוחות נוספים, על מנת להחליף את כוחות מג"ב שייתכן ויהיו נחוצים בפעולות ההריסה. לא נפסלת האפשרות שחלקם יהיו כוחות מילואים. "העיקרון המוביל", נכתב במסמך, "הוא שכוחות המשטרה יפעלו במעגל הפנימי ובכל מוקד חיכוך עם אוכלוסיה אזרחית. יש לערב את לוחמי צה"ל במעגל פנימי רק במקרים קיצוניים. הכוחות יפעלו לבידוד הגזרה. חסימות פלאפונים יהיו חלק מהיכולת למנוע תגבור". כמו כן נכתב במסמך כי לצורך פעולות ההריסה יש צורך גם בפיקוח אווירי של מזל"טים או מסוקים.
מדובר צה"ל נמסר בתגובה לחשיפת המסמך כי ""צה"ל כפוף למרותה של הממשלה הנבחרת בישראל וממלא אחר הנחיותיה, כך היה וכך יהיה. האחריות הלאומית להותיר את צה"ל מחוץ לכל ויכוח פוליטי היא משימתו של כל אזרח בישראל, תהיה דעתו והשקפתו אשר תהיה. המנהל האזרחי, משטרת ישראל וצה"ל יבצעו אחר הנחיות הממשלה כלשונן".