בעקבות פניות ותלונות שהפנו תושבים בחיפה לחברה להגנת הטבע בנושא ביצוע עבודות עפר נרחבות בחוף הים בקרבת המכון לחקר ימים ואגמים פנתה החברה לעירייה על מנת לברר אם ניתנו היתרים לעבודות, לשם מה הן מתקיימות והאם יש עליהן פיקוח. בחברה תהו על קיום העבודות בסביבה חופית רגישה "כמעט בנגיעה במדרגה החופית" וציינו דיווח מיום שישי האחרון על אודות ערימת עפר גדולה בסמוך לקו המים.
"עבודות פיתוח מסוג זה דורשות ייעוץ אקולוגי לכל אורך שלבי התכנון והביצוע, כשם שנעשה בעבר בעבודות לשיקום הגן הלאומי שקמונה", התריעו אנשי החברה להגנת הטבע במכתב לעירייה, שבו ציינו את ערכי הטבע באזור, בהם צבי הים החיים בקרבת החוף.
עוד נכתב כי "ביצוע טיילת מבת גלים לגן הלאומי שקמונה, רעיון מבורך ככל שיהיה, דורש עמידה בהליך התכנון כנדרש, בין היתר כדי להימנע מפגיעה בערכי הטבע החיפאיים. עמדת החברה להגנת הטבע היא כי יש לקיים דיון ציבורי בנושא הטיילת, להציג תכנית לוועדה המקומית ולקבל את אישורה". בחברה הוסיפו כי "באזור זה יש ללוות אקולוגית גם את הליך התכנון וגם את הליך הביצוע ויש להוציא היתרים כחוק ולהעבירם להחלטת הוועדה לשמירת הסביבה החופית בישראל".
מעיריית חיפה נמסר: "הקבלן שזכה במכרז הפר הנחיות של חברת יפה נוף והערים במקום ערימות עפר ללא אישור. הקבלן נדרש לפנות את הערמות וינקטו נגדו צעדים משפטיים. עם השלמת התיאומים להיתר יבוצעו העבודות בתיאום עם הגורמים הרלוונטיים בהם רשות הטבע והגנים ורשות העתיקות תוך המשך שמירה קפדנית על ערכי הטבע של המקום".
