התחנה המרכזית בבאר שבע הייתה שוקקת חיים כשהמחבל נכנס הערב (ראשון) בשעריה, חמוש באקדח וסכין, חולף על פני המאבטחים במקום. זמן קצר לאחר הפיגוע אמר מפקד המחוז הדרומי, ניצב יורם הלוי, כי רמת האבטחה במקום תיבדק על ידי המשטרה. אך כבר עכשיו אפשר לקבוע כי היו פערי אבטחה ברורים במבנה, שייבדקו במסגרת תחקיר האירוע - שעליו הוטל לפי שעה צו איסור פרסום גורף.
מדי ראשון בבוקר מגיעים אל התחנה עשרות אלפי חיילים העושים את דרכם לבסיסים ברחבי הארץ. בצירוף האזרחים הרבים שמגיעים לתחנה בדרכם למקומות העבודה שלהם הופך מתחם התחנה להמוני ונפיץ במיוחד ובעל פוטנציאל גדול מאוד לפיגוע רב נפגעים. גורמי ביטחון שיבחו את הנטרול המהיר של המחבל אך באותה נשימה הבהירו כי אם הפיגוע היה מתרחש בשעות הבוקר, בצפיפות גדולה יותר של אזרחים, האירוע היה עלול להסתיים באסון גדול מאוד.
מתחם התחנה המרכזית בבאר שבע עבר בשני העשורים האחרונים שני פיגועים. בשנת 1998 השליך מחבל שני רימוני רסס לעבר אוטובוסים בתחנה. יותר מארבעים אזרחים נפצעו. נהג אוטובוס ואזרחים שהיו במקום רדפו אחריו ועצרו אותו. בחקירת המחבל התברר כי הוא הסתנן לבאר שבע דרך הגבול הפרוץ בדרום הר חברון. בשנת 2005 הצליח מחבל לעורר חשד בקרב המאבטחים של התחנה. הם עקבו אחריו והצליחו ללכוד אותו אך לא ירו בו. תוך כדי אחיזתם בו, הפעיל המחבל מטען חבלה והתפוצץ. שני מאבטחים נפצעו באורח קשה, והשאר נפגעו מחרדה.
בשנים האחרונות עברה התחנה המרכזית שיפוץ מהיסוד ושינתה את פניה. גם נהלי הביטחון שונו ומספר הכניסות אליה צומצמו לשש כדי שיהיה ניתן לשלוט בעוברים ושבים באופן יחסי. אך למרות זאת, לא ברור האם כל אזרח שנכנס אל המתחם נבדק באופן קפדני והאווירה - לפי עדויות אזרחים - הייתה מתוחה בצל גל הפיגועים של השבועיים האחרונים. כך התאפשרה ככל הנראה חדירה של מחבל חמוש באקדח וסכין למתחם.
שאלות קשות נוספות העולות מהטיפול בפיגוע הן רמת ההכשרה של המאבטחים, סדנאות הרענון שביצעו לאחרונה לשימור רמתם מקצועית ואמצעי הבידוק, בהם מגנומטרים, שניתנו להם. בנוסף לכך, נשאלות השאלות: האם תכנית האבטחה של התחנה עברה את בקרת המשטרה? האם תוגברה התחנה המרכזית שידועה כמקום הומה אדם באופן מספק? ומתי בוצעו ביקורת או תרגילים במתחם התחנה להתמודדות עם פיגועים ואירועים רבי נפגעים? שאלות אלה יעלו כנראה בתחקיר שתקיים המשטרה בעקבות האירוע. אך ההיסטוריה מלמדת כי פיגוע נוסף מהסוג הזה במתחם התחנה המרכזית הוא רק עניין של זמן.