ביום שישי האחרון, כשעיתון "וול סטריט ג'ורנל" פירסם את דבר החנינה המיועדת למרגל ג'ונתן פולארד והודיע על מועד שחרורו המיועד בנובמבר, קהילת המודיעין האמריקני סערה ואנשי מערכת הביטחון בארצות הברית הגיבו בכעס ובאי-נוחות. "האיש הזה גרם נזקים עצומים למערכות המודיעין האמריקני, וחלק מהם לא תוקנו עד היום", אמר בתקיפות סא"ל במיל' ריק פרנקונה, קצין מודיעין בכיר בעברו וכיום פרשן CNN לענייני מודיעין, "בכירי קהילת המודיעין מעריכים שפולארד גרם למדינה נזקים וסיכונים שעלו מיליארדי דולרים".
פרנקונה, שמעורה היטב בפרשת פולארד, הסביר שהמשמעות של מעשי הריגול של פולארד לא היו רק בחומר שנאסף והועבר לידי ישראל, אלא בחשיפת המקורות ודרכי הפעולה שבאמצעותם האמריקנים הגיעו לאיסוף החומרים דבר שהקנה להם יתרון מודיעיני רב.
בעוד שבעבור ישראלים רבים, פולארד נחשב לגיבור או לסמל של נאמנות למדינה, בארצות הברית הוא נתפס כאחד הבוגדים הגדולים ביותר, אדם שגרם נזק עצום, יש האומרים חסר תקדים, למודיעין האמריקני. בתצהיר מסווג שמסר שר ההגנה האמריקני, קספר ויינברגר, לבית המשפט ב-1986 במסגרת משפט פולארד, הוא ציין: "קשה לי להעלות על הדעת נזק גדול יותר לביטחון הלאומי של ארצות הברית מהנזק שגרם הנאשם, הן מבחינת רוחב המידע שהוא מכר לישראל וחשיבותו, והן מבחינת הרגישות הגבוהה של המידע שהעביר".
העובדה היא שגם בתקופת הפריחה ביחסים בין נשיאי ארצות הברית לראשי ממשלת ישראל, כמו למשל היחסים החמים בין ג'ורג' בוש הבן לבין אריאל שרון, עניין שחרור פולארד לא הועלה על הפרק. סגנו של בוש, דיק צ'ייני, ושר ההגנה דונלד רמספלד, הבהירו לנשיא ש"שחרור פולארד אינו נושא לדיון כלל". למעשה, בניסיון למנוע מראש מהישראלים לבקש חנינה לפולארד, רמספלד כתב לבוש מילים חריפות: "כל צעד לעבר שחרור פולארד יזיק מאוד למאמצינו לשמור על מרגלים מחוץ לממשלה".
הנשיא שקדם לבוש, ביל קלינטון, כתב באוטוביוגרפיה שלו שב-1998 הוא שקל לחון את פולארד לבקשתו של נתניהו (אז בקדנציה הראשונה כראש ממשלה), אבל מפקד ה-CIA ג'ורג' טנט איים שיתפטר ברגע שזה יקרה. לפי גורמי ביטחון אמריקנים, גם רוברט מולר, ראש ה-FBI בשנים 2013-2001, איים בהתפטרות אם פולארד ישוחרר מהכלא.
בשנה שעברה צצו דיווחים שטענו שהאמריקנים מוכנים במחווה לישראל לשחרר את פולארד, בתמורה לכך שישראל תשחרר מחבלים ותחזור לשיחות השלום עם הפלסטינים. האמריקנים טענו שהדיווחים האלה משוללי יסוד.
באמצע שנות ה-80 פולארד שימש אנליסט במודיעין של הצי האמריקני והעביר לישראל מידע מסווג מחדרו הקטן במשך 17חודשים, עד שנתפס. הוא זכה לשכר של 2,500 דולר בחודש בלבד מהמוסד, וזה היה כמעט שווה לשכרו מממשלת ארצות הברית. במשפטו הודה פולארד בהעברת יותר מ-800 מסמכים מסווגים ועוד אלף הודעות המכילות מידע מסווג.
המידע הרגיש מאוד שפולארד העביר למוסד כלל תמונות מלוויין אמריקני שתיעדו את הריסת הכור העיראקי בידי חיל האוויר הישראלי; יכולותיו של צבא ערב הסעודית ופריסת כוחות היבשה שלו; מודיעין על תכניות גרעין בעולם הערבי ובפקיסטן; תכניות לנשק כימי וביולוגי בעולם הערבי; מערכות הגנה אווירית ששלחת ברית המועצות למדינות במזרח התיכון; היערכויות ופקודות קרב של מדינות ערב.
מידע רב במיוחד הועבר על סוריה כלי הנשק שלה, תכנית האימונים, היחידות המיוחדות, החימוש של הסובייטים, מידע על אנשי הפיקוד והמטה של צבא סוריה, כולל פירוט השליחים הסוריים שפועלים בברית המועצות. גם פרטים על חיל האוויר המצרי ועל יחידת הקומנדו של אש"ף ששמרה על יאסר ערפאת נמסרו על ידי פולארד לישראל. האמריקנים זעמו במיוחד כשגילו שפולארד גם העביר מידע רגיש שיש לאמריקנים על פוליטיקאים ישראלים ועל אזרחים ישראלים שעשויים לרגל לטובת ארצות הברית וכן על פעולות מודיעין של וושינגטון נגד ירושלים.
כתוצאה משורת החשיפות והתקלות, מנגנוני איסוף המודיעין האמריקנים נאלצו לשנות לחלוטין את אופן פעולתם, בשינוי ובניה מחדש שעלו מיליארדי דולרים ודרשו שינוי בתכניות והחלפת מקורות. בזמן שבישראל טוענים שאף מרגל בהיסטוריה של ארצות הברית לא זכה ליחס מחפיר כמו פולארד, לטענת גורמי המודיעין האמריקנים גם אף מרגל לא עבר עבירות כה חמורות ורגישות. לכן ראשי קהילת המודיעין בארה"ב עדיין מתנגדים בתקיפות לשחרור פולארד.
ממשל אובמה עסוק בהכחשות גורפות לטענות שנשמעות בימים האחרונים, ולפיהן שחרור פולארד קשור להסכם הגרעין, ושזו דרכו של הנשיא לרכך את הביקורות על ההסכם שמגיעות מישראל ומשפיעות על הקונגרס לפני ההצבעה על ההסכם. יש אף גורמים שטוענים שזו הוכחה לכך ש"משרד המשפטים בממשל הנוכחי נגוע בשחיתות". התובעת הכללית לורטה לינץ' הכחישה בתוקף ואמרה בסרקאזם: "אלה שתכננו לדון את פולארד לכלא, היו מתוחכמים ביותר ובעלי תזמון מושלם אם הם ידעו שבדיוק 30 שנה לאחר מכן ייחתם הסכם גרעין עם איראן".
מריון באומן, יועץ לשעבר לצי האמריקאי ול-FBI במשך יותר מעשור, אמר לאתר "דיילי ביסט" כי "החנינה לפולארד הגיעה בתזמון מושלם עבור אובמה כדי להיראות נחמד כלפי הישראלים. אני משוכנע שלא התייעצו עם הקהילה המודיעינית לפני ההחלטה, כי לא שמענו מחאות בניגוד לכל הפעמים הקודמות שהרעיון לחון את פולארד עלה על הפרק". לדעתו של באומן, שאליה שותפים רבים: "פולארד לא צריך לראות יותר אור יום".