שמועות על מושל ארקנסו היו תמיד. כבר בזמן מסע הבחירות שלו מול הנשיא המכהן, ג'ורג' בוש האב, דובר על פרשה עם ג'ניפר פלוארס. ביל קלינטון נכנס למרוץ אחרי שהדמוקרטים הבולטים יותר באותה עת לא היו מעוניינים להתמודד מול הנשיא שזה עתה הרכיב קואליציה בינלאומית, הביס כמעט בלי אבדות את עיראק, הוכיח שליטה במדיניות הבינלאומית וחתם על הסכם עם ברית המועצות לסיום המלחמה הקרה.
איש לא העלה בדעתו שבוש יפסיד, אבל זה קרה בזכות הבנת קלינטון שהאמריקנים מצביעים על נושאי פנים, לא על מדיניות חוץ. כשבוש, בניגוד להתחייבותו, העלה את המסים וארצות הברית הייתה במיני משבר, קלינטון ניצח. הוא אמר את המשפט "זו הכלכלה, טמבל", המשפט הכי ידוע שאמר אי-פעם.
חוץ ממשפט אחד: "לא היו לי יחסי מין עם האישה הזו, העלמה לוינסקי" אמר למצלמה, כשאשתו, הילארי רודהם קלינטון לצדו. הוא הוסיף: "ועתה עלי להמשיך לעבוד למען העם האמריקני".
הוא אמר את הדברים בינואר 1998, כמה ימים לאחר שאתר חדשות, דראדג' רפורט ואחריו וושינגטון פוסט, דיווחו על כך שלנשיא היה רומן עם מתמחה בבית הלבן, מוניקה לווינסקי שמה. הרומן, אם זו המילה הנכונה לתאר מערכת יחסים, אמנם בהסכמה, בין הנשיא, בן 49, למתמחה בת 22, כבר הסתיים בשלב זה. קלינטון חשב שהוא יצא מן המצר, מה גם שלווינסקי חתמה על תצהיר ובו הכחישה את הפרשה.
עם זאת, חברתה של לוינסקי, לינדה טריפ, ידעה על הפרשה, והקליטה שיחות בין לוינסקי לקלינטון. יתרה מכך, לוינסקי שמרה שמלה ועליה DNA של הנשיא מאחד המפגשים. החומר הזה עבר לתובע קנת' סטאר, שבכלל חקר את קלינטון בפרשות אחרות, כלכליות באופיין.
ב-19 בדצמבר 1998 החל הליך ההדחה נגד קלינטון, בשלב זה שש שנים בתפקידו, נשיא דמוקרט מול בית נבחרים וסנאט רפובליקנים. בזכות החוקה האמריקנית, כמעט בלתי אפשרי להדיח נשיא מכהן.
השלבים הם ועדת המשפט של בית הנבחרים, ברוב רגיל. בית הנבחרים משמש כתביעה, מחליט אם יש קייס, עדיין ברוב רגיל, וההכרעה עוברת לסנאט, המשמש כבית משפט. שם ההכרעה היא ברוב מיוחס, של שני שליש. בית הנבחרים המליץ על הדחת הנשיא, אבל הסנאט, שהדמוקרטים שבו התייצבו לצד מנהיגם, דחה את ההמלצה.
קלינטון נאלץ להודות ששיקר לעם האמריקני. הוא ניצל בעור שיניו מהדחה על עדות שקר - ההעמדה לדין לא היתה על הפרשה, אלא על השקר. להגנתו טען שקיבל ייעוץ משפטי לפיו מין אוראלי אינו מין. הנושא רציני, אז נוותר על הבדיחות סרות הטעם בנושא.
הוא הורשע בביזיון בית הדין, הוטל עליו קנס ורישיון עורך הדין שלו נשלל בארקנסו למשך חמש שנים. אשתו נשארה עמו, בעוד שחייה של מוניקה לווינסקי נהרסו. הילרי נבחרה לסנאט מטעם ניו יורק, הייתה שרת חוץ ומועמדת לנשיאות.
הקלינטונים רואים בפרשה עד היום רדיפה של הימין הקיצוני על עמדותיהם הליברליות ועל ניסיונם, שנכשל, להעביר רפורמת בריאות מקיפה. הימין רואה בפרשה סמל לשחיתות ולריקבון של האליטות הליברליות הצבועות. בשתי הטענות יש לא מעט אמת.
רוב תקופת ממשלו קלינטון הייתה מוצלחת. הוא שלח את מטוסי נאט"ו לסיים את מלחמת האזרחים ביוגוסלביה, טיפל בתבונה בפיגוע הטרור הרצחני ביותר שעשה אמריקני - הפיגוע בבניין הפדרלי באוקלהומה סיטי - וניווט את הכלכלה האמריקנית לתקופת שגשוג אדירה. מנגד, הוא נכשל כישלון מוסרי ברואנדה, לא השכיל להבין, כמו כולם בעצם, את עוצמת האיום של אל-קאעדה וגם העודפים שהותיר ליורשו ג'ורג' בוש הבן הפכו לגירעונות עתק מאז ועד היום.
למרות כל זאת, מכל הקריירה שלו מה שיישאר תמיד הוא משפט אחד שאמר, ומשפט סנאט אחד שממנו נחלץ בעור שיניו.